使用napari加载存储在.mat文件中的图像的插件
napari-mat-images的Python项目详细描述
特点
此插件将存储在MATLAB.mat文件中的变量加载到napari中。在
它加载任何看起来像图像的变量。 目前,它包括任何二维以上、大小大于20像素的数组(由shape_is_image())确定。在
如果加载一个具有3个或更多维度的变量,则插件假定它是一个图像堆栈,并且最大尺寸的维度是堆栈的轴。在
加载大型文件
如果加载以HDF5/v7.3格式保存的大型.mat文件,则会根据需要加载图像块,从而导致快速的初始加载,但可能会导致滚动速度减慢。在
随机对图像堆栈的切片进行采样,以确定最小/最大对比度值。在
要求
此插件依赖于scipy加载小的.mat文件,h5py(使用dask)加载较大的HDF5/v7.3.mat文件。在
它隐式地需要napari才能使用。在
安装
napari-mat-images要求安装napari,尽管它没有作为安装要求列出。 此插件依赖于napariversion>;0.2.12中的插件功能。 可以通过pip从PyPI安装:
$ pip install napari>0.2.12^{pr2}$
使用
一旦安装,每当试图加载.mat文件时都将使用该插件。 可以从napariGUI或命令行执行此操作:
$ napari my_file.mat
贡献
捐款是非常欢迎的。可以使用pytest运行测试,请确保 在提交请求前,保险范围至少保持不变。在
许可证
根据BSD-3许可条款分发, napari-mat-images是免费的开源软件
问题
如果您遇到任何问题,请file an issue并提供详细说明。在
这个napari插件是用Cookiecutter和napari的cookiecutter-napari-plugin模板生成的。在
- 项目
标签: