软件包,识别原始信号在两种情况下的变化https://github.com/jts/nanopolish重新调整了dRNASeq数据。
nanocompore的Python项目详细描述
nanomcompore通过比较2个样本来识别与RNA修饰相对应的ONT纳米孔测序原始信号的差异
nanomcompore比较了来自不同实验条件的2-ONT纳米孔直接RNA测序数据集,预期这些数据集对RNA修饰有显著影响。建议每个条件至少有2个重复。例如,可以使用具有显著减少修饰次数的控制条件,例如修饰写入酶被敲除或敲除的细胞系。或者,可以在较小规模上在体外合成感兴趣的转录本。在
完整文档可在http://nanocompore.rna.rocks
配套存储库
- NanoCompore_pipeline:Nextflow管道,用于预处理nanomcompore的数据
- Nanocompore_analysis:使用nanomcompore对BioRxiv预印本进行分析
- NanopolishComp:在运行nanomcompore之前,需要按kmer折叠Nanopolish eventalign输出
主要作者
- 汤玛索·莱昂纳迪-汤姆{at}特莱奥在
- 阿德里安·莱格-亚历格{at}英国息税折旧及摊销前利润在
- 项目
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