自然语言框架
nalaf的Python项目详细描述
我们移动了
此库不再维护，只在本地接收错误修复。
我们将培训ner&relation模型的功能移到the text annotation tool, tagtog：
Nalaf-（Na）nature（La）nguage（F）框架
nalaf是用python编写的nlp框架。其目标是成为一个通用的、基于模块的、易于使用的通用文本挖掘任务框架。目前有两项任务：命名实体识别（ner）和关系抽取。这些模块支持培训和注释。与之相关联的是辅助组件，例如交叉验证训练或不同语料库格式的读取和转换目前，利用条件随机场（crf）和支持向量机（svms）利用线性核或树核进行关系抽取。
历史上，该框架是从Rostlab和Technische Universität München的两篇联合论文开始的，重点是生物信息学/生物网络。具体来说，第一个目标是提取nl突变提及。不久之后，又有一篇硕士论文使用并推广了该框架来进行转录因子（tf）与基因或基因产物相互作用关系的提取。NALAF框架计划用于Rostlab的其他BIONLP任务。
由于最初的bionlp焦点，代码的某些部分被裁剪成生物医学领域。然而，目前正在努力推广所有部分，这一进程几乎已经完成。开发不活跃，代码维护也不能保证。
当前维护者：Juan Miguel Cejuela (@juanmirocks)。
（editable version on Lucidchart of the pipeline diagram；需要登录）
如何安装
要求
- 需要Python3（3.5，3.6）
安装NALAF
来自Pypi
pip3 install nalaf python3 -m nalaf.download_data
来源
git clone https://github.com/Rostlab/nalaf.git
cd nalaf
python3 setup.py install
python3 -m nalaf.download_data
测试
python3 setup.py nosetests -a '!slow'# Exclude the slow ones
如何运行，示例
运行example_annotate.py获取一个简单的注释示例，其中包含一个用于提取蛋白质名称的预先训练的ner模型：
python3 example_annotate.py -p 15878741 12625412python3 example_annotate.py -s "This is c.A1003G an example"参见问题https://github.com/Rostlab/nalaf/issues/159python3 example_annotate.py -d resources/example.txt参见问题{a10}
开发
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