mzML文件格式的MS1MS4能级谱提取器
mzmlripper的Python项目详细描述
MzML裂土器
这个包解析MzML文件并将数据提取为JSON格式，以便于处理。在
提取以下信息：
- 在
MS1信息
在 - 在
MS2信息
在 - 在
MS3信息
在 - 在
MS4信息
在 - 在
对于MS1/2/3/4中的每个光谱：
- 质量和强度
- 那个光谱的母体
- 光谱保留时间
- 群众名单
安装
Mzmlripper可通过Pip（Python包索引）获得：
pip install mzmlripper --user
源代码将在适当的时候提供。在
依赖性
如果您想使用（可选）光谱散列函数（请参见https://splash.fiehnlab.ucdavis.edu/了解更多详细信息）， 您可能需要使用以下命令安装pySPLASH：
^{pr2}$使用
导入提取器并给它一个文件/目录和一个JSON文件的输出目录
# Import moduleimportmzmlripper.extractorasripper# Process an mzML fileripper_data=ripper.process_mzml_file(mzml_filename,target_directory)# Using the pySPLASH functionsimportmzmlripper.splash_helpersasspl# Add splash to each ripper functionsplashed_ripper_data=spl.splash_ripper_dict(ripper_data)
输出
标准输出
文件输出格式如下：
{"ms1":{"spectrum_1":{"95.3423":160,"96.8473":322,"110.8476":640253,..."parent":"","retention_time":"0.9685","mass_list":[95.3423,96.8473,110.8476...]},"spectrum_2":{...},...},"ms2":{"spectrum_1":{"101.2356":4552,"102.5398":12369,"102.9856":845,..."parent":"235.6523","retention_time":"1.1203","mass_list":[101.2356,102.5398,102.9856,...]},"spectrum_2":{...},...},"ms3":{"spectrum_1":{"67.3434":142,"69.8364":1325,"72.9746":3320,..."parent":"102.2365","retention_time":"1.0253","mass_list":[67.3434,69.8364,72.9746,...]},"spectrum_2":{...},...},"ms4":{"spectrum_1":{"45.2036":1234,"46.3210":8853,"49.3205":12342,..."parent":"115.3256","retention_time":"2.0365","mass_list":[45.2036,46.3120,49.3205,...]},"spectrum_2":{...},...}}
相对强度输出
上面的例子显示了mzmlripper的标准输出，绝对强度值为 单个离子。但是，也有一个显示相对强度值的选项 光谱中的离子数：
# Process an mzML file with final output showing relative intensities
ripper_data = ripper.process_mzml_file(mzml_filename, target_directory, relative=True)
这将导致输出的格式与标准输出非常相似，但有两个区别：
- 强度值是相对的，最大强度峰值设置为100%
- 在每个光谱中记录基峰（最强烈的峰）及其绝对强度。这使得所有峰值的原始绝对强度值可以在以后根据需要进行计算。在
以上示例转换为相对强度谱：
{"ms1":{"spectrum_1":{"95.3423":0.0250,"96.8473":0.0503,"110.8476":100,..."parent":"","base_peak":[110.8476,640253],"retention_time":"0.9685","mass_list":[95.3423,96.8473,110.8476...]},"spectrum_2":{...},...},"ms2":{"spectrum_1":{"101.2356":36.8017,"102.5398":100,"102.9856":6.8316,..."parent":"235.6523","base_peak":[102.5398,12369],"retention_time":"1.1203","mass_list":[101.2356,102.5398,102.9856,...]},"spectrum_2":{...},...},...}
作者
所有软件都是作为Cronin Lab 2019的一部分编写的
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