mzml文件解析器和isa选项卡的转换器
mzml2isa的Python项目详细描述
从mzml和imzml文件中提取元数据，并将其写入isa选项卡文档。
概述
mzml2isa是python3程序，可以自动生成is a tab文档 从原始xml元组数据文件（mzml open access数据格式）构造元数据文件。 mzml2isa工具提供了isa-tab代谢组学研究的基础，它可以 然后使用isa编辑工具isacreator进行编辑（请参见MetaboLights pre-packaged ISA Creator）
- 功能：
- 从mzml文件中提取元信息，并将其存储为python字典或 将其序列化为json格式的文档。
- 创建一个isa选项卡文件结构，并填写相关的元信息。
- 将无法从mzml文件分析的其他元数据添加到 通过json格式的dictionary或xls文件的isa tab文件。
用法
cli
mzml2isa -i /path/to/mzml_files/ -o /path/to/out_folder/ -s name_of_study
python模块
见Usage page和 关于Examples page的更多信息 信息。
代谢
从 MetaboLights要测试的研究 转换器，运行
python scripts/metabolights-dl.py <size><>从存储库内部，其中{eM1}$$大小EEM>是GiB中的最大大小 可以分配下载文件。脚本将文件下载到 example_files/metabolights文件夹，然后在上运行mzml2isa 那些文件..
如果您使用带curlftpfs和bash的*nix机器， 您也可以运行
scripts/metabolights.sh
将数据库装载到示例目录并开始转换mzml 学习。
工作流程
欢迎加入QQ群-->： 979659372
