一个匿名的mri样本
mri10yr06mo01da-normal的Python项目详细描述
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Abstract
此应用程序只需从嵌入式数据复制10岁、06个月、01天受试者的参考正常匿名MRI。
Synopsis
mri10yr06mo01da_normal.python \
[-v <level>] [--verbosity <level>] \
[--version] \
[--man] \
[--meta] \
[--dir <dir>] \
[--splash <splash>] \
<outputDir>
Arguments
[-v <level>] [--verbosity <level>] Verbosity level for app. Not used currently. [--version] If specified, print version number. [--man] If specified, print this man page. [--meta] If specified, print plugin meta data. [--splash <splash>] An optional splash message to print on startup. [--dir <dir>] An optional override directory to copy to the <outputDir>. Note, if run from a containerized version, this will copy a directory from the *container* file system.
Run
这个plugin可以在两种模式下运行：以python包或容器化docker映像的形式运行。
Using PyPI
要从pypi运行，只需执行a
pip install mri10yr06mo01da_normal
并使用
mri10yr06mo01da_normal.py --man /tmp
获取内联帮助。应用程序还应理解仅使用一个位置参数调用
mri10yr06mo01da_normal.py /destination/directory
Using ^{tt1}$
要使用docker运行，请确保将“input”目录分配给/incoming，将输出目录分配给/outgoing。确保$(pwd)/out目录是全局可写的
现在，在所有通话前加上
docker run --rm -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-mri10yr06mo01da_normal mri10yr06mo01da_normal.py \
因此，获得内联帮助是：
mkdir out && chmod 777 out docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-mri10yr06mo01da_normal mri10yr06mo01da_normal.py \ --man \ /outgoing
Examples
Copy the embedded MRI data to the ^{tt2}$ directory
mkdir out && chmod 777 out docker run --rm -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-mri10yr06mo01da_normal mri10yr06mo01da_normal.py \ /outgoing
Copy a user specified directory to the ^{tt2}$ directory
mkdir out && chmod 777 out docker run --rm -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-mri10yr06mo01da_normal mri10yr06mo01da_normal.py \ --dir /usr/src/data /outgoing
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