一个模块化的单分子分析界面。
mosaic-nist的Python项目详细描述
…图片：https://travis-ci.org/usnistgov/mosaic.svg？branch=devel-1.0
：目标：https://travis ci.org/usnistgov/mosaic
…图片：：https://badge.fury.io/gh/usnistgov%2fmasic.svg
：目标：https://badge.fury.io/gh/usnistgov%2fmasic
mosaic:模块化单分子分析接口lly解码多状态纳米孔数据。通过用等效电路对纳米孔系统进行建模，mosic利用进入通道的分子的瞬态响应来量化孔分子之间的相互作用。与离子电流阈值或维特比解码等现有技术相比，该技术允许估计未经分析的短期瞬态事件。
测序、单分子力谱和单分子质谱。在Mosaic中实现的数据建模和分析方法允许在每种应用中对分子与通道相互作用的量化进行显著改进。
**如果您在工作中使用Mosaic，请引用：**`分析化学2016，（88）第11900-11907页<；http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.6b03725>；``和'acs nano 2014，（8）第1547-1553页。<；http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nn405761y>；` `<
安装
========
有关安装的详细信息，请参阅Mosaic文档的"安装"部分。r/>
订阅：
subject=subscribe>；``使用subject'subscribe'
取消订阅：
电子邮件`mosaic-request@nist.gov<；mailto:mosaic-request@nist.gov？subject=unsubscribe>；``使用subject'unsubscribe'
订阅后，您可以通过电子邮件发送消息：mosaic@nist.gov<；mailto:mosaic@nist.gov>；` `.
报告问题
=====
thub.com/usnistgov/mosaic/issues>；```在github上。
更改日志
=====
**v1.3.5**
-将原始事件保存在数据库中。解决93。
**v1.3.4**
-修复了默认设置中的一个错误，该错误在某些情况下阻止了分析的启动。
**v1.3.3**
-添加了对Chimera数据文件的支持。
-解决问题92和95。
**v1.3.2**
-修复了事件分区错误。
-[gui]用户界面调整。
**v1.3.1**
-错误修复版本。
**v1.3**
-添加了一个新的马赛克示例库，其中包含绘图脚本和jupyter笔记本（https://github.com/usnistgov/mosaic-examples）
-更新bessel fiter实现以允许因果和非因果过滤。
-添加cusum+算法（请参阅pull requests 34、43、45和46）
-添加读取任意二进制文件的能力。
-将stepResponseAnalysis重命名为adept 2-state。
-将multistate重命名为multistate分析到adept.
-cusum+现在用于生成adept
-streamlined单元测试框架的初始猜测。为cusum+添加了新的测试。
-更新了马赛克依赖项，包括更新的包版本和pandas。运行"python setup.py mosaic_deps"进行更新。
-添加了一个新的元数据列（mdstateretime），可以将每个状态的驻留时间保存到数据库中。这会影响ADEPT和CUSUM+。
-每个事件的处理时间现在保存到数据库中。
-添加ED支持以"W"开头的警告状态代码。这些代码在sqlite输出中保留元数据，并用于标记需要更仔细检查的事件。
-从pypi中删除了mosaicgui。pip install mosaic nist'只安装命令行模块。
-顶级converttrajio支持二进制和ascii文件。
-添加了travis连续集成支持。
-[gui]添加了一个用于windows和os x的二进制更新服务。
-[gui]添加了一个在事件查看器窗口中显示fit参数的表。
-[gui]添加了更具描述性的fit错误。
-[gui]添加了对mosaic gui的cusum+支持。
-[gui]将sqlite数据库导出到csv（56）。
-[gui]支持fit事件查看器中的警告代码。
-[gui]性能优化。
-[gui]mosaic gui中的fit窗口显示理想的脉冲叠加。
-[gui]添加了addi国家分析统计。
-[addons]添加了cusum+对mathematica加载项（mosaicutils.m中的plotevents）的支持。
-[addons]mathematica查询*可以*通过外部python脚本处理以提高性能。
-[addons]添加了一个选项以限制mathema中的ploteventsn个事件的tica加载项。
-已知问题：请参见8、10、40、63和69。
**v1.2**
-添加了对任意二进制文件格式（33）的支持
-[gui]包括二进制文件支持。
-文档更新和错误修复。
-*已知问题：*请参见8和10。
>
-文档更新和错误修复。
-*已知问题：*已知问题：*请参见8和10。
>>
**v1.1**
-[addons]igor支持。
-pypi包自动安装马赛克依赖项。
-其他错误修复。
-*已知问题：*请参阅8和10。
**v1.0**
-修复了多状态代码中限制rc常数导致系统拟合错误的错误。ORS（拉取请求25）。
-更新了多状态，为每个状态包含一个单独的RC常量，与Balijepalli等人的《ACS Nano 2014》中的函数形式一致。
-TSVTrajio解析中的其他错误修复。
-状态数保存到MDIO数据库中，用于多状态分析（问题#26）。
-在pypi（mosaic nist）上创建了一个新包，允许使用setuptools进行安装。
-[gui]更新了帮助链接，指向github上的sphinx文档。
-*已知问题：*请参阅8和10
**v1.0b3.2**
-[gui]其他错误修复程序
-[addons]添加了导入m的代码osaic输出到matlab（pull requests 18 and 20）
-[addons]更新mathematica addons自动解码多状态数据。
-解决问题16和22
**v1.0b3.1**
-[gui]向mosaicgui添加了多状态支持。
-分析信息，如使用的算法，数据类型等现在存储在MDIO数据库中。
-[gui]马赛克图形用户界面中的自动完成功能仅建议在查询中使用时有效的数据库列。
-重新组织Mathematica加载项代码。
**v1.0b3**
-修复了阻止事件超过~700个数据订单的错误无法正确分析int。
-修复了在分析之前无法正确填充事件数据的问题。
-解决了2。trajio设置现在从设置文件中读取。
-[gui]解析3。当meanOpenCurr为负时，gui中的阈值输入框变为无响应。
-[gui]解析4。使用图形用户界面中的WavletDenioseFilter时分析失败。
-[gui]BlockDepthviewer窗口中的直方图可以从"文件"菜单保存到CSV文件。
-分析日志保存到MDIO数据库。
-[gui]控制台将显示保存在MDIO数据库中的分析日志。
-[gui]添加ed选择了一个新的对话框，其中显示了一个基于小波的去噪实验警告。
-更新了数据库中报告的错误代码，以便更详细地描述故障。
-改进和扩展了单元测试框架。
-将安装和测试移到setuptools。
**v1.0b2**
-[gui]修复了1.0b1的阈值更新错误。
-大大改进了自动打开功能通道状态检测。
-默认设置字符串现在包含在源代码中。
-实现了新的顶级类converttocsv，允许将任何trajio对象读取的数据转换为逗号分隔的文件。
-更新了生成系统和单元测试框架。
-[gui]其他UI更新。
**v1.0b1**
-[gui]在开始分析之前添加了一个菜单选项来保存设置文件。
-[gui]当前阈值现在由离子电流定义。轨迹查看器显示阈值与平均电流的偏差。
-分析设置保存在sqlite数据库的analysis settings表中。当分析数据库加载到图形用户界面中时，将从数据库中分析设置。
-当加载分析文件时，主窗口中的小部件将保持启用状态。这允许使用当前设置启动新的分析运行。
-[gui]实现了显示事件处理日志的分析日志查看器。
-[gui]在blockdepthview中基于小波的峰值检测的初始提交。
-[gui]将所有点直方图添加到轨迹查看器。
-*已知问题：*选择自动基线检测有时会导致轨迹查看器中的阈值更改。移动滑块将使设置和轨迹窗口同步。
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mosaic:模块化单分子分析接口lly解码多状态纳米孔数据。通过用等效电路对纳米孔系统进行建模，mosic利用进入通道的分子的瞬态响应来量化孔分子之间的相互作用。与离子电流阈值或维特比解码等现有技术相比，该技术允许估计未经分析的短期瞬态事件。
测序、单分子力谱和单分子质谱。在Mosaic中实现的数据建模和分析方法允许在每种应用中对分子与通道相互作用的量化进行显著改进。
**如果您在工作中使用Mosaic，请引用：**`分析化学2016，（88）第11900-11907页<；http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.6b03725>；``和'acs nano 2014，（8）第1547-1553页。<；http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nn405761y>；` `<
安装
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有关安装的详细信息，请参阅Mosaic文档的"安装"部分。r/>
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报告问题
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更改日志
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**v1.3.5**
-将原始事件保存在数据库中。解决93。
**v1.3.4**
-修复了默认设置中的一个错误，该错误在某些情况下阻止了分析的启动。
**v1.3.3**
-添加了对Chimera数据文件的支持。
-解决问题92和95。
**v1.3.2**
-修复了事件分区错误。
-[gui]用户界面调整。
**v1.3.1**
-错误修复版本。
**v1.3**
-添加了一个新的马赛克示例库，其中包含绘图脚本和jupyter笔记本（https://github.com/usnistgov/mosaic-examples）
-更新bessel fiter实现以允许因果和非因果过滤。
-添加cusum+算法（请参阅pull requests 34、43、45和46）
-添加读取任意二进制文件的能力。
-将stepResponseAnalysis重命名为adept 2-state。
-将multistate重命名为multistate分析到adept.
-cusum+现在用于生成adept
-streamlined单元测试框架的初始猜测。为cusum+添加了新的测试。
-更新了马赛克依赖项，包括更新的包版本和pandas。运行"python setup.py mosaic_deps"进行更新。
-添加了一个新的元数据列（mdstateretime），可以将每个状态的驻留时间保存到数据库中。这会影响ADEPT和CUSUM+。
-每个事件的处理时间现在保存到数据库中。
-添加ED支持以"W"开头的警告状态代码。这些代码在sqlite输出中保留元数据，并用于标记需要更仔细检查的事件。
-从pypi中删除了mosaicgui。pip install mosaic nist'只安装命令行模块。
-顶级converttrajio支持二进制和ascii文件。
-添加了travis连续集成支持。
-[gui]添加了一个用于windows和os x的二进制更新服务。
-[gui]添加了一个在事件查看器窗口中显示fit参数的表。
-[gui]添加了更具描述性的fit错误。
-[gui]添加了对mosaic gui的cusum+支持。
-[gui]将sqlite数据库导出到csv（56）。
-[gui]支持fit事件查看器中的警告代码。
-[gui]性能优化。
-[gui]mosaic gui中的fit窗口显示理想的脉冲叠加。
-[gui]添加了addi国家分析统计。
-[addons]添加了cusum+对mathematica加载项（mosaicutils.m中的plotevents）的支持。
-[addons]mathematica查询*可以*通过外部python脚本处理以提高性能。
-[addons]添加了一个选项以限制mathema中的ploteventsn个事件的tica加载项。
-已知问题：请参见8、10、40、63和69。
**v1.2**
-添加了对任意二进制文件格式（33）的支持
-[gui]包括二进制文件支持。
-文档更新和错误修复。
-*已知问题：*请参见8和10。
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-文档更新和错误修复。
-*已知问题：*已知问题：*请参见8和10。
>>
**v1.1**
-[addons]igor支持。
-pypi包自动安装马赛克依赖项。
-其他错误修复。
-*已知问题：*请参阅8和10。
**v1.0**
-修复了多状态代码中限制rc常数导致系统拟合错误的错误。ORS（拉取请求25）。
-更新了多状态，为每个状态包含一个单独的RC常量，与Balijepalli等人的《ACS Nano 2014》中的函数形式一致。
-TSVTrajio解析中的其他错误修复。
-状态数保存到MDIO数据库中，用于多状态分析（问题#26）。
-在pypi（mosaic nist）上创建了一个新包，允许使用setuptools进行安装。
-[gui]更新了帮助链接，指向github上的sphinx文档。
-*已知问题：*请参阅8和10
**v1.0b3.2**
-[gui]其他错误修复程序
-[addons]添加了导入m的代码osaic输出到matlab（pull requests 18 and 20）
-[addons]更新mathematica addons自动解码多状态数据。
-解决问题16和22
**v1.0b3.1**
-[gui]向mosaicgui添加了多状态支持。
-分析信息，如使用的算法，数据类型等现在存储在MDIO数据库中。
-[gui]马赛克图形用户界面中的自动完成功能仅建议在查询中使用时有效的数据库列。
-重新组织Mathematica加载项代码。
**v1.0b3**
-修复了阻止事件超过~700个数据订单的错误无法正确分析int。
-修复了在分析之前无法正确填充事件数据的问题。
-解决了2。trajio设置现在从设置文件中读取。
-[gui]解析3。当meanOpenCurr为负时，gui中的阈值输入框变为无响应。
-[gui]解析4。使用图形用户界面中的WavletDenioseFilter时分析失败。
-[gui]BlockDepthviewer窗口中的直方图可以从"文件"菜单保存到CSV文件。
-分析日志保存到MDIO数据库。
-[gui]控制台将显示保存在MDIO数据库中的分析日志。
-[gui]添加ed选择了一个新的对话框，其中显示了一个基于小波的去噪实验警告。
-更新了数据库中报告的错误代码，以便更详细地描述故障。
-改进和扩展了单元测试框架。
-将安装和测试移到setuptools。
**v1.0b2**
-[gui]修复了1.0b1的阈值更新错误。
-大大改进了自动打开功能通道状态检测。
-默认设置字符串现在包含在源代码中。
-实现了新的顶级类converttocsv，允许将任何trajio对象读取的数据转换为逗号分隔的文件。
-更新了生成系统和单元测试框架。
-[gui]其他UI更新。
**v1.0b1**
-[gui]在开始分析之前添加了一个菜单选项来保存设置文件。
-[gui]当前阈值现在由离子电流定义。轨迹查看器显示阈值与平均电流的偏差。
-分析设置保存在sqlite数据库的analysis settings表中。当分析数据库加载到图形用户界面中时，将从数据库中分析设置。
-当加载分析文件时，主窗口中的小部件将保持启用状态。这允许使用当前设置启动新的分析运行。
-[gui]实现了显示事件处理日志的分析日志查看器。
-[gui]在blockdepthview中基于小波的峰值检测的初始提交。
-[gui]将所有点直方图添加到轨迹查看器。
-*已知问题：*选择自动基线检测有时会导致轨迹查看器中的阈值更改。移动滑块将使设置和轨迹窗口同步。
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