部分建模实现
moiety-modeling的Python项目详细描述
部分建模包为部分模型表示、模型优化和模型选择提供了便利。
引文
请引用github存储库，直到我们的手稿被接受 出版物：https://github.com/MoseleyBioinformaticsLab/moiety_modeling.git
安装
“部分建模”在Python3.6+下运行，可通过Python3 PIP获得。 通过pip安装或克隆git repo并安装以下依赖项和 你准备好了！
在Linux上安装
PIP安装
python3 -m pip install moiety-modeling
依赖性
“部分建模”需要以下Python库：
- docopt for creating the command-line interface.
- jsonpickle for saving Python objects in a JSON serializable form and outputting to a file.
- numpy and matplotlib for visualization of optimized results.
- scipy for application of optimization methods.
- SAGA-optimize for parameters optimization.
快速启动
利用分块模型优化分块模型参数。
python3 -m moiety_modeling modeling --models=<model_jsonfile> --datasets=<dataset_jsonfile> --optimizations=<optimizationSetting_json> --repetition=100 --split --multiprocess --energyFunction=logDifference
利用部分模型对优化结果进行分析，选择最优模型。
python3 -m moiety_modeling analyze optimizations --a <optimizationPaths_txtfile>
python3 -m moiety_modeling analyze rank <analysisPaths_txtfile> --rankCriteria=AICc
使用部分建模可视化优化结果。
python3 -m moiety_modeling plot moiety <analysisResults_jsonfile>
注意
阅读《用户指南》和moiety_modeling教程ReadTheDocs，了解更多信息并查看将moiety_modeling用作库和命令行工具的代码示例。
许可证
根据修改后的Clear BSD许可条款提供。请参阅LICENSE中的完整许可证。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
