建立代谢模型的包
modelbase的Python项目详细描述
#模型库
modelbase是一个python包,用于帮助您构建和分析生物系统的动态数学模型。它最初是为模拟代谢系统而设计的,但实际上可以用于任何过程,其中一些物质被转化为其他物质。
modelbase包含了一个简单的构造方法来定义“反应”。需要指定速率定律和化学计量学,并自动装配微分方程组。
模型库允许“代数模块”,这对于实现快速平衡或准稳态近似是有用的。在最简单的例子中,它们允许很容易地合并守恒量。
modelbase还允许简单地构造同位素特定模型。这个类包含一个构造函数方法,该方法自动构造特定反应的所有同位素特定版本。很酷-看看!
##发行说明 版本0.2.5是提交 曼苏克“建立生物系统数学模型 在modelbase中,一个用于半自动ode组装的python包 《开放期刊》同位素特异性模型的构建 研究软件。
有关早期版本更改的详细信息,请参见changelog.md。
##依赖关系 *纽比 *短发 *matplotlib文件 *阿西穆洛 *日晷
##安装
`python3 pip install modelbase `
要启用assimulo支持,请在conda中安装软件包
`python3 conda install -cconda-forge assimulo # or conda install -c chria assimulo `
或者使用我们的[installation guide](https://gitlab.com/ebenhoeh/modelbase/blob/master/docs/installation.rst)从源代码构建日晷。
##许可证 [gpl 3](https://gitlab.com/ebenhoeh/modelbase/blob/master/LICENSE)
##文件 官方文档存放在[readthedocs](https://modelbase.readthedocs.io/en/latest/)上。
##问题和支持 如果您在使用本软件时遇到问题,请通过我们的[问题](https://gitlab.com/ebenhoeh/modelbase/issues)页面与我们联系。
##对ModelBase的贡献 欢迎所有贡献、错误报告、错误修复、文档改进、增强和想法。更多信息请参见我们的[贡献指南](https://gitlab.com/ebenhoeh/modelbase/blob/master/CONTRIBUTING.md)。