mne-bids 0.3

安装

我们推荐使用Anacondapython 分配。我们要求您使用Python3。 除了numpy和scipy（包含在标准Python中 安装），您需要安装最新版本的MNE 使用pip工具：

$ pip install -U mne

然后安装mne-bids：

$ pip install -U mne-bids

如果您想升级较新版本的 mne-bids可用。如果您没有 计算机，将--user标志与pip一起使用。

为了检查是否一切正常，下面的命令不应该给出任何 错误消息：

$ python -c 'import mne_bids'

要获得mne-bids的完整功能，还需要pip install 以下软件包：

• nibabel，用于与MRI数据交互

如果要使用mne-bids的最新开发版本，请使用 以下命令：

$ pip install https://api.github.com/repos/mne-tools/mne-bids/zipball/master

快速启动

目前，我们支持为meg和eeg编写bids数据集。支持 ieeg目前处于试验阶段。

>>>frommneimportio>>>frommne_bidsimportwrite_raw_bids>>>raw=io.read_raw_fif('my_old_file.fif')>>>write_raw_bids(raw,'sub-01_ses-01_run-05',output_path='./bids_dataset')

命令行界面

除了import mne_bids，还可以使用命令行界面。 只需在命令行中键入mne_bids，然后按回车键，就可以看到 接受命令。然后键入mne_bids <command> --help，其中<command> 是公认的命令之一 <command>。

示例：

$ mne_bids raw_to_bids --subject_id sub01 --task rest --raw data.edf --output_path new_path

错误报告

使用github issue tracker 报告错误。

引用

如果你在工作中使用mne-bids，请引用下列文件之一， 取决于您使用的模态：

Niso, G., Gorgolewski, K. J., Bock, E., Brooks, T. L., Flandin, G., Gramfort, A.,
Henson, R. N., Jas, M., Litvak, V., Moreau, J., Oostenveld, R., Schoffelen, J.,
Tadel, F., Wexler, J., Baillet, S. (2018). MEG-BIDS, the brain imaging data
structure extended to magnetoencephalography. Scientific Data, 5, 180110.
http://doi.org/10.1038/sdata.2018.110

Pernet, C. R., Appelhoff, S., Gorgolewski, K. J., Flandin, G.,
Phillips, C., Delorme, A., Oostenveld, R. (2019). EEG-BIDS, an extension
to the brain imaging data structure for electroencephalography. Scientific
Data, 6, 103. https://doi.org/10.1038/s41597-019-0104-8

Holdgraf, C., Appelhoff, S., Bickel, S., Bouchard, K., D'Ambrosio, S.,
David, O., … Hermes, D. (2019). iEEG-BIDS, extending the Brain Imaging Data
Structure specification to human intracranial electrophysiology. Scientific
Data, 6, 102. https://doi.org/10.1038/s41597-019-0105-7