代谢分解器
metadisassembler的Python项目详细描述
代谢反汇编程序是一个Python包,用于自动预测 天然产物中生物合成单位的组合这个软件 有助于揭示目标天然物的原始材料 产品
基本用法
可以看到jupyter笔记本的一个使用示例 here
命令行用法
% metadisassembler -h usage: metadisassembler [-h][-t TIME][--hide][-c] query positional arguments: query MDL_Molfile, SMILES, InChI, KEGG_COMPOUND_ID, KNApSAcK_COMPOUND_ID optional arguments: -h, --help show this help message and exit -t TIME, --time TIME set a time limit [s][default: 300] --hide hide stereochemistry [default: False] -c, --color output color allocation information [default: False]
要求
- Python(3.6)
- RDKit(2018.09.1.0版)
- NetworkX (2.2版)
- CairoSVG(2.2.1版)
- Pillow (PIL)
- Pandas
- Matplotlib
安装
用pip安装代谢反汇编程序
$ pip install metadisassembler