MELD
meld的Python项目详细描述
定量分析scrna序列数据中实验扰动的影响。
注意，此存储库正在进行活动开发。请再查一遍 2019年2月4日星期一0.1版。
现在，在BioXIV上查看我们的预印本：利用图形信号处理增强单细胞rna测序数据中的实验信号。丹尼尔·B·伯克哈特、杰伊·S·斯坦利、安娜·路易斯·佩迪戈托、斯科特·A·吉甘特、凯万·C·赫罗德、盖伊·沃尔夫、安东尼奥·吉拉德兹、大卫·范迪克、斯密塔·克里希纳斯瓦米。BioRxiv。内政部：10.1101/532846。
安装
pip install --user git+git://github.com/KrishnaswamyLab/MELD.git
要求
MELD要求python>；=3.5。所有其他需求都由pip自动安装。
可选
pyunlocbox用于通过近端分裂快速求解。通过pip install pyunlocbox安装。
用法示例
import meld import graphtools G = graphtools.Graph(data, use_pygsp=True) meld_score = meld.meld(label, G=G, beta=0.5)
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