用于motif-aware对齐的praline工作流(ma-praline)。
ma-praline的Python项目详细描述
模体感知praline(ma-praline)
一种基于motif的多序列比对工具。该软件附带的一篇文章发表在《公共科学图书馆计算生物学》上。
安装MA-PRALINE
要求
- Python2.7/Python3.6(早期的3.x版本也可以工作,但尚未测试)
- praline的安装(https://github.com/ibivu/PRALINE)
说明
通过克隆此存储库并运行(在shell中):
python setup.py install
在PYPI上也提供MA-PRALINE。您可以使用以下命令安装它:
pip install ma-praline
额外费用
在https://github.com/ibivu/MA-PRALINE-extras有一个附加存储库,其中包含 辅助代码,用于在开发MA-PRALIN时进行各种分析。 虽然没有提供对该代码的支持,但是有些人可能会发现它对 重新参数化ma-praline或计算motif统计量。