kraken-biom 1.0.1

安装

来自PYPI:

$ pip install kraken-biom

来自github:

$ pip install git+http://github.com/smdabdoub/kraken-biom.git

来源：

$ python setup.py install

要求

• 生物模型格式>；=2.1.5

文档

该程序接受来自Kraken报告的一个或多个文件作为输入 工具。每个文件都被解析，每个otu的计数（操作分类法 记录单元）以及数据库ID（例如NCBI）和沿袭。这个 提取的数据然后存储在biom表中，其中每个计数都是链接的 它属于样本和otu。从输入中提取样本id 文件名（直到“.”为止）。

otu由–max和–min参数定义。默认情况下，这些是 分别设置为“顺序”和“种类”。这意味着分配的计数 直接记录到一个目、科或属的 otu id，以及在物种级别或更低级别分配的计数被分配给 物种的otu id。设定低于物种的最低等级还没有 可用。

biom格式目前有两个主要版本。版本1.0使用 json（javascript对象表示法）格式作为基础。版本2.x使用 以hdf5（分层数据格式v5）为基础。输出格式可以是 使用–fmt选项指定。注意，tab分隔（tsv）输出 格式也可用。生成的文件将不包含 元数据，但可以通过电子表格程序打开。

默认情况下，biom格式的版本2用于输出，但需要 python库“h5py”。如果图书馆没有安装，Kraken Biom会 自动切换到使用版本1.0。注意输出可以 对于版本1.0和TSV文件，可以选择使用gzip（–gzip）压缩。 版本2文件将自动压缩。

目前，每个otu id的分类法作为行元数据存储在biom中。 使用标准七级qiime格式的表：k_u k；p_u p；..s_u s.if 您希望支持其他格式，请提交问题或发送请求 请求（注意捐款指南）。

usage: kraken-biom.py [-h] [--max {D,P,C,O,F,G,S}] [--min {D,P,C,O,F,G,S}]
                      [-o OUTPUT_FP] [--fmt {hdf5,json,tsv}] [--gzip]
                      [--version] [-v]
                      kraken_reports [kraken_reports ...]

用法示例

1. 默认参数的基本用法：

   $ kraken-biom.py S1.txt S2.txt
   

This produces a compressed BIOM 2.1 file: table.biom

1. Biom v1.0输出：

   $ kraken-biom.py S1.txt S2.txt --fmt json
   

Produces a BIOM 1.0 file: table.biom

1. 压缩TSV输出：

   $ kraken-biom.py S1.txt S2.txt --fmt tsv --gzip -o table.tsv
   

Produces a TSV file: table.tsv.gz

1. 将最大和最小otu级别更改为类和属：

   $ kraken-biom.py S1.txt S2.txt --max C --min G
   

程序参数

位置参数：

kraken_reports        Results files from the kraken-report tool.

可选参数：

-h, --help            show this help message and exit
--max {D,P,C,O,F,G,S}
                      Assigned reads will be recorded only if they are at or
                      below max rank. Default: O.
--min {D,P,C,O,F,G,S}
                      Reads assigned at and below min rank will be recorded
                      as being assigned to the min rank level. Default: S.
-o OUTPUT_FP, --output_fp OUTPUT_FP
                      Path to the BIOM-format file. By default, the table
                      will be in the HDF5 BIOM 2.x format. Users can output
                      to a different format using the --fmt option. The
                      output can also be gzipped using the --gzip option.
                      Default path is: ./table.biom
--fmt {hdf5,json,tsv}
                      Set the output format of the BIOM table. Default is
                      HDF5.
--gzip                Compress the output BIOM table with gzip. HDF5 BIOM
                      (v2.x) files are internally compressed by default, so
                      this option is not needed when specifying --fmt hdf5.
--version             show program's version number and exit
-v, --verbose         Prints status messages during program execution.