高维神经数据的聚类
klustakwik2的Python项目详细描述
注意：请遵循klusta包的说明https://github.com/kwikteam/klusta:不应使用下面的说明。
安装说明
使用Anaconda distribution安装python。你会 需要安装软件包numpy，scipy，cython和nose。对于windows，python 2.7可能比 3.x.
在所有平台上，可以使用pip install klustakwik2（来自源）或conda install -c kwikteam klustakwik2（预编译的二进制文件）安装klustakwik。默认安装选项 如下所示：
- linux：默认情况下多线程打开。
- windows：如果安装了msvc，默认情况下多线程打开，否则关闭。注意，在水蟒分布下， 默认情况下，多线程将关闭，但如果您安装了msvc，则可以轻松解决此问题，请参见下文。
- mac：默认情况下关闭多线程。
要覆盖这些选项，请从源安装（请参见下文）。
在windows上使用anaconda进行多线程处理
anaconda发行版安装了自己的编译器，该编译器不支持openmp多线程，并通过 默认值，而不是支持OpenMP的MSVC编译器。要禁用anaconda编译器，只需运行 在安装klustakwik之前执行以下命令。
conda remove libpython
从源安装
从源发行版on PyPI中下载源 或者获取最新版本from GitHub。运行下列命令之一 从该目录中的命令提示符。对于默认选项：
python setup.py install
强制启用多线程：
python setup.py install –with-openmp
强制关闭多线程：
python setup.py install –no-openmp
窗口
- 在anaconda软件包中安装带有anaconda的预编译windows二进制文件：
- Conda安装-c kwikteam klustakwik2
如果您希望从源代码处编译，则说明要复杂一些：
使用Python2.7，您将需要免费提供MS Visual Studio Express 2008 for Python的副本 下载here。python 3.x可能需要不同的 visual studio的版本，我们还没有测试过。
如上所述下载源代码。在中打开命令提示符 下载和提取文件的目录。如果为所有用户安装了python，则需要 此命令提示符上的管理权限。要在Windows中获取此信息，请按Windows键，键入“cmd”，右键单击 “cmd.exe”并单击“以管理员身份运行”。
现在运行上面关于从源安装的部分中的命令。
mac
可以安装允许多线程的gcc版本。待办事项：详情。
用法
要群集一对文件name.fet.n，name.fmask.n，请运行命令：
kk2_legacy name n
这将生成一个name.klg.n和name.clu.n文件。请注意，第一次运行时， 它将生成大量警告和编译器输出：忽略这一点，这是正常的。
可以为此脚本指定其他选项。主要的解释如下：
- drop_last_n_features=0：不要使用fet文件的last n features进行集群。
- save_clu every=none：保存临时.clu文件的频率（分钟）。
- num_starting_clusters=500：要使用的初始群集数（可能应高于 您希望找到的最终群集数）。
- start_from_clu=none：如果指定，则从previ启动群集已保存.clu文件。
- use_mua_cluster=true：是否使用 算法。这是为了改进对噪声较大的数据集的聚类，但您可以将其关闭 如果你有问题的话。请注意，如果启用此选项，则群集2将是MUA群集， 第一个“正常”集群将是集群3。
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