尖峰检测与尖峰排序的自动聚类
klusta的Python项目详细描述
#Klusta：自动尖峰排序多达64个通道
[！[生成状态]（https://img.shields.io/travis/kwikteam/klusta.svg)](https://travis-ci.org/kwikteam/klusta） [！[codecov.io]（https://img.shields.io/codecov/c/github/kwikteam/klusta.svg)](http://codecov.io/github/kwikteam/klusta?branch=master） [！[文档状态]（https://readthedocs.org/projects/klusta/badge/?version=latest)](http://klusta.readthedocs.org/en/latest/） [！[PYPI发布]（https://img.shields.io/pypi/v/klusta.svg)](https://pypi.python.org/pypi/klusta） [！[github发布]（https://img.shields.io/github/release/kwikteam/klusta.svg)](https://github.com/kwikteam/klusta/releases/latest）
[klusta]（https://github.com/kwikteam/klusta）是一个开源软件包，用于自动对多电极神经生理学记录进行尖峰排序，这些记录是由包含几十个位点的探针制成的。
我们也在积极研究更复杂的算法，这些算法将扩展到成百上千个频道。这项工作是在[phy项目]（https://github.com/kwikteam/phy）中完成的，目前仍处于实验阶段。
##概述
klusta实现以下功能：
- kwik：一种基于hdf5的文件格式，用于存储峰值排序会话的结果。
- spike detection（也称为spikedetekt）：为包含数十个通道的探测器设计的算法，基于探测器中记录点形成的邻接图中的洪水填充算法。
- automatic clustering（也称为masked klustakwik）：为高维结构化数据集设计的自动聚类算法。
##图形用户界面
您需要一个gui来可视化峰值排序结果。
我们开发了两个具有相同功能的图形用户界面程序：
- phy kwikgui：更新的项目，可扩展到数百个/数千个频道，仍然是相对实验性的。如果您按照下面的安装说明操作，它将自动安装。
- [klustaviewa]（https://github.com/klusta team/klustaviewa）：广泛使用，但较旧，安装有点困难，因为它依赖于非常旧的依赖项。
两个gui都使用相同的kwik格式。
##快速安装指南
以下说明将同时安装klusta和phy kwikgui。
确保已安装了[miniconda]（http://conda.pydata.org/miniconda.html）。您可以为您的操作系统（Linux、Windows或OS X）选择Python3.5 64位版本。
[下载环境文件。]（https://raw.githubusercontent.com/kwikteam/klusta/master/installer/environment.yml）
在保存文件的目录中打开终端（在Windows上，cmd，而不是powershell），然后键入：
^{tt1}$
完成！现在，要使用klusta和phy kwikgui，请输入包含文件的目录并键入：
^{tt2}$
See the documentation for more details.
###更新软件
要获取软件的最新版本，请打开终端并键入：
` source activate klusta # omit the `source` on Windows pip install klusta phy phycontrib --upgrade `
##技术细节
klusta是用纯python编写的。用python和cython编写的集群代码目前位于[另一个存储库]（https://github.com/kwikteam/klustakwik2/）。
##链接
- [文档]（http://klusta.readthedocs.org/en/latest/）（正在工作）
- [自然神经科学论文（2016年4月）]（http://www.nature.com/neuro/journal/vaop/ncurrent/full/nn.4268.html）
- [邮件列表]（https://groups.google.com/forum/#!forum/klustaviewas）
- [示例数据存储库]（http://phy.cortexlab.net/data/）（正在工作）
##学分
klusta由伦敦大学学院的[cortexlab]（https://www.ucl.ac.uk/cortexlab）的[cyrille rossant]（http://cyrille.rossant.net）、[shabnam kadir]（https://iris.ucl.ac.uk/iris/browse/profile?upi=SKADI56）、[dan goodman]（http://thesamovar.net/）、[max hunter]（https://iris.ucl.ac.uk/iris/browse/profile?upi=MLDHU99）和[kenneth harris]（https://iris.ucl.ac.uk/iris/browse/profile?upi=KDHAR02）开发。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
](https://travis-ci.org/kwikteam/klusta){kind=link}
](http://codecov.io/github/kwikteam/klusta?branch=master){kind=link}
](https://pypi.python.org/pypi/klusta){kind=link}
](https://github.com/kwikteam/klusta/releases/latest){kind=link}