KLT选择器
kltpicker的Python项目详细描述
克里特皮克
KLT Picker:使用数据驱动的优化模板进行粒子拾取。在
当前版本:1.2.6
日期:2020年10月
这是Python版本,包含KLT Picker的完整源代码。MATLAB版本可从https://github.com/ShkolniskyLab/kltpicker_matlab获得。在
使用本软件包时,请引用以下文件: Eldar A,Landa B,Shkolnisky Y.KLT picker:使用数据驱动的优化模板进行粒子拾取。结构生物学杂志。2020年5月;210(2)107473。在
推荐环境:
该软件包已经在Ubuntu16.04和Windows10上进行了测试。它可能可以在其他版本的Windows和Linux上运行,但还没有在它们上进行测试。macOS也是如此。- 在
Python3.6.0+是必需的。在
在 - 在
该包使用pyfftw包,而pyfftw包又使用FFTW库。在安装KLTPicker之前,请确保您的系统上安装了FFTW库:http://www.fftw.org/fftw3_doc/Installation-and-Customization.html#Installation-and-Customization
在 - 在
对于可选GPU支持,该软件包需要:
- NVIDIA CUDA GPU,计算能力3.0或更高
- CUDA工具包:v9.0/v9.2/v10.0/v10.1/v10.2/v11.0
安装KLTPicker
通过pip安装KLTPicker:
我们建议通过pip安装KLTPicker:$ pip install kltpicker
为了启用GPU支持(前提是您的系统满足上述要求):
^{pr2}$从源安装KLTPicker
源代码树的tarball可以通过pip下载kltpicker获得。您可以从tarball安装KLTPicker:$ pip install kltpicker-x.x.x.tar.gz
您还可以从克隆的Git存储库安装KLTPicker的开发版本:
$ git clone https://github.com/ShkolniskyLab/kltpicker.git
$ cd kltpicker
$ pip install .
卸载KLTPicker
使用pip卸载KLTPicker:$ pip uninstall kltpicker
升级KLTPicker
只需使用pip和-U选项:$ pip install -U kltpicker
入门:
有关使用说明,请阅读Github项目主页上的用户手册:https://github.com/ShkolniskyLab/kltpicker- 项目
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