一个Python库和一组命令行实用程序，用于交换符合Biolink模型的知识图（KGs）。
kgx的Python项目详细描述
知识图形交换
KGX（Knowledge Graph Exchange）是一个Python库和一组用于交换的命令行实用程序 符合Biolink Model或与Biolink Model对齐的知识图（kg）。在
核心数据模型是一个Property Graph（PG），表示 在Python内部使用networkx MultiDiGraph model。在
KGX允许转换为：
- RDF序列化（读/写）和SPARQL端点（读）
- Neo4j端点（读）或Neo4j转储（写）
- CSV/TSV和JSON（参见associated data formats和example script to load CSV/TSV to Neo4j）
- Reasoner标准API格式
- OBOGraph JSON格式
KGX还将提供验证，以确保KG符合Biolink模型：确保节点 使用Biolink类进行分类，使用有效的Biolink关系类型标记边缘，并使用有效的属性。在
内部表示是一个属性图，特别是networkx多有向图。在
该图的结构预计符合Biolink模型标准，简要总结如下：
- Nodes
id:CURIE；必需name:string；推荐category:string；广泛的高级类型。对应于Neo4j中的节点标签- 其他财产
- Edges
subject:CURIE；必需edge_label:CURIE；必需；对应于Neo4j中的边缘标签object:CURIE，必需relation:CURIE；必需- 其他财产
除了主代码基之外，KGX还提供了一系列command line operations。在
用户安装
KGX在PyPI上可用，您可以通过python pip安装KGX。在
Note: the installation of KGX requires Python 3.7+
pip install kgx
开发者安装
Python3.7+和核心工具依赖性
Note: the installation of KGX requires Python 3.7+
您应该首先确认Python的哪个版本 您已经根据操作系统的最佳实践运行并升级到v3.7。 还假设安装了通用开发工具，包括git、pip和所有必要的工具 操作系统的开发库。在
获取存储库
转到您希望托管本地项目存储库的位置并克隆存储库：
^{pr2}$为KGX配置虚拟环境
为了方便起见，请使用Pythonvenv模块来创建一个轻量级的虚拟环境。在
Note that you may also have to install the appropriate
venvpackage for Python 3.7.For example, under Ubuntu Linux, you might
sudo apt-get install python3.7-venv
一旦venv可用，请键入：
python3 -m venv venv
source venv/bin/activate
安装Python依赖项
应用程序的Python依赖项需要使用一个版本安装到本地环境中
与Python3.7+安装匹配的pip（这里假设称为pip3）。在
Again, follow the specific directives of your operating system for the installation.
For example, under Ubuntu Linux, to install the Python 3.7 matched version of pip, type the following:
sudo apt-get install python3-pipwhich will install the
pip3command.
此时，建议在继续下一步之前单独安装wheel包依赖项
（注意：这里假设您的venv被激活）
pip3 install wheel
安装wheel包后，安装KGX：
pip3 install -r requirements.txt
要安装KGX
python3 setup.py install
要测试安装是否成功，请运行以下命令：
kgx --help
它将调用KGX CLI工具。在
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