未提供项目说明
kcounter的Python项目详细描述
K计数器
一个在Python中计算DNA k-mers的简单软件包。用铁锈写的。在
安装
有两种安装方法kcounter：
- 使用pip：
pip install kcounter
- 使用conda：
使用
目前，kcounter提供了一个函数count_kmers，它返回一个包含所选大小的k-mer的字典。在
>>>importkcounter>>>kcounter.count_kmers('AAACTTTTTT',3){'AAA':1.0,'ACT':1.0,'AAC':1.0,'CTT':1.0,'TTT':4.0}>>>kcounter.count_kmers('AAACTTTTTT',4){'AACT':1.0,'CTTT':1.0,'ACTT':1.0,'AAAC':1.0,'TTTT':3.0}
relative_frequencies参数可用于获得相对k-mer频率：
>>>kcounter.count_kmers('AAACTTTTTT',3,relative_frequencies=True){'AAC':0.125,'TTT':0.5,'CTT':0.125,'ACT':0.125,'AAA':0.125}
canonical_kmers参数聚集了反向补体k-mers的计数（例如：AGC/GCT）：
>>>kcounter.count_kmers('AAACTTTTTT',3,canonical_kmers=True){'ACT':1.0,'AAA':5.0,'AAC':1.0,'AAG':1.0}
未来版本计划：
- 性能改进。在
- 添加一个使函数返回稀疏k-mer计数的参数。在
- 实现一个返回numpy数组的函数。在
- 项目
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