个人使用的图像实用功能
jrImgTools的Python项目详细描述
JXIM工具
一个处理和可视化医学图像的简单工具箱。在
功能
可视化
卷切片
一种同时可视化三维体积和分段的工具。在
# Create fake dataimportnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltvol=np.zeros((50,128,128))vol[20:30,40:88,40:88]=1vol+=0.1*np.random.rand(*vol.shape)# plt.imshow(vol[25,:,:], cmap='gray')seg1=np.zeros((50,128,128))seg1[20:30,40:88,40:88]=1seg2=np.zeros((50,128,128))seg2[20:29,45:95,45:95]=1seg2[29,40:88,40:88]=1fig,axs=plt.subplots(1,3)axs[0].imshow(np.squeeze(vol[25,:,:]),cmap='gray')axs[1].imshow(np.squeeze(seg1[25,:,:]),cmap='gray')axs[2].imshow(np.squeeze(seg2[25,:,:]),cmap='gray')# Visualize using VolSlicerfromjximgtools.metricimportdicePerSlice,dicefromjximgtools.visualization.volSlicerimportVolSlicerdicee=dice(seg1,seg2)dices=dicePerSlice(seg1,seg2)volInfo={'Name':'Test Volume','DicePerSlice':dices}slicesInfo=[{'Dice':dices[sliceIdx]}forsliceIdxinrange(50)]VolSlicer(vol,volInfo=volInfo,segs=[seg1,seg2],slicesInfo=slicesInfo)
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