与itol.embl.de交互的api
itolapi的Python项目详细描述
用于交互式生命树（itol）的python api
由Albert Wang创建（git at Albertyw.com）
与iTOL (Interactive Tree of Life)、python requests package互补。
这个itol api允许本地软件使用^{tt1}将树上载到itol$ 并使用直接python使用itolexport.py导出上载的树 调用或通过shell。与 iTOL website是必需的。
安装
pip install itolapi
将树上载到itol（itol.py）
从命令行
（如果您需要做的不仅仅是显示基本的树结构， 必须从python程序中调用python itol api）
$ itol.py /path/to/example.tree http://itol.embl.de/external.cgi?tree=1234567890&restore_saved=1
来自python
从Python程序中运行比从运行中灵活得多 命令行并允许访问所有iTOL options
from itolapi import Itol
itol_uploader = Itol()
itol_uploader.add_file('/path/to/example.tree')
itol_uploader.params['treeName'] = 'apple'
status = itol_uploader.upload()
assert status != False
itol_uploader.comm.upload_output
# SUCCESS: 1234567890
itol_uploader.comm.tree_id
# 1234567890
itol_uploader.get_webpage()
# http://itol.embl.de/external.cgi?tree=1234567890&restore_saved=1
itol_uploader.get_itol_export()
# <ItolExport.ItolExport instance at 0x207c5f0>
使用python itol api的示例可以在 examples/example.py。
从itol下载树（itolexport.py）
从命令行
（如果要设置除树ID以外的任何参数， 保存文件的位置、文件格式以及是否显示数据集， 必须使用python程序中的itolexport）
$ itolexport.py TREEID FILELOCATION FORMAT [OPTIONS]
- 选项包括：
- -d：显示数据集
- -v：详细输出
- -h：帮助
来自python
从python程序运行itolexport.py可以使用 iTol提供的选项。
from itolapi import ItolExport
itol_exporter = ItolExport()
itol_exporter.add_export_param_value('tree', tree_id)
assert format in ['png', 'svg', 'eps', 'ps', 'pdf', 'nexus', 'newick']
itol_exporter.add_export_param_value('format', format)
itol_exporter.add_export_param_value(param_key, param_value)
itol_exporter.export(file_location)
在the iTOL API page上可以找到有效的param_key和param_value值。
错误/评论
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开发
运行测试：
python setup.py install pip install -r requirements-test.txt pip install -r requirements-test-python3.txt mypy itolapi coverage run setup.py test coverage report -m
更新pypi:
pip install twine python setup.py sdist bdist_wheel twine upload dist/*
欢迎加入QQ群-->： 979659372
