同位素校正质谱标记实验
IsoCor的Python项目详细描述
iso cor-isotopecor质谱标记实验的校正
什么是IsoCor？
IsoCor是一个科学软件，专门用于校正质谱（MS）数据 出现同位素。 IsoCor修正原始MS数据（质量分数） 所有元素的天然同位素和 同位素示踪剂。 等容管的输出是分子的同位素分布。 （即分子实体的相对分数只在数量上不同） 示踪剂的同位素替换）IsoCor也计算 代谢物中的平均富集量（即分子中的平均同位素含量）
这是我们在代谢系统同位素研究中使用的常规工具之一。
该代码是开源的，并且可以在gplv3许可下使用。其他信息可以在IsoCor publication中找到。
详细的文档可以在read the docs（https://isocor.readthedocs.io/）上在线找到。 查看Tutorials以使用最佳更正选项
主要功能
- 非示踪元素和示踪元素的天然同位素校正
- 示踪剂纯度校正，
- 作为库随附图形和命令行界面，
- 质谱仪和分辨率不可知，
- 可用于单电荷和多电荷离子
- 可用于任何示踪元素（具有两个或多个同位素）
- 说明衍生化步骤（如有）的贡献，
- 开源、免费且易于安装在python 3和pip运行的任何地方，
- 生物学家友好。
快速启动
IsoCor要求Python 3.5或更高版本，并在所有的plate表单上运行。 请检查the documentation是否完整 安装和使用说明。
使用pip从PyPi中安装IsoCor：
$ pip install isocor
然后，使用以下命令启动图形界面：
$ isocor
IsoCor也可以直接从命令行和Python库获得
错误和功能请求
如果您对我们如何改进IsoCor有想法，请提交一个新的问题 到our GitHub issue tracker
开发人员指南
贡献
非常欢迎您的贡献！：心脏：
请用你自己的叉子， 遵循PEP8样式指南， 并确保在请求拉取之前通过所有测试
使用pip
进行本地安装在开发模式下，执行pip install -e /path/to/IsoCor以安装
本地开发版本。
单元测试
同位素校正是一项复杂的任务，我们使用单元测试来确保 关键功能在开发过程中不会受到损害
您可以通过在项目根目录的shell中调用pytest来运行所有测试
在本地构建文档
使用以下工具生成HTML文档：
$ cd doc
$ make html
pdf文档可以通过将html替换为latexpdf在本地构建。
在上面的命令中。你需要一个最近的乳胶安装。
如何引用
millard p.，delépine b.，guionnet m.，heuillet m.，bellvert f.和letisse f.isocor:高分辨率ms标记实验的同位素校正。生物信息学，2019，doi: 10.1093/bioinformatics/btz209
作者
波杜恩·德莱平、马蒂厄·吉翁内、皮埃尔·米拉德
联系人
：电子邮件：Pierre Millard，millard@insa-toulouse.fr
欢迎加入QQ群-->： 979659372
