图形可视化工具Cytoscape的Python实现。
ipycytoscape的Python项目详细描述
ipycytoscape公司
在JupyterLab和Jupyter笔记本中使用cytoscape.js实现交互式图形可视化的小部件。在
使用binder:或安装并试用examples。在
支持：
安装
使用mamba：
mamba install -c conda-forge ipycytoscape
使用conda：
使用pip：
pip install ipycytoscape
对于jupyterlab用户：
如果您使用的是JupyterLab，还有一个附加步骤：
jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager jupyter-cytoscape
如果您使用的是Jupyter Notebook 5.2或更早版本，则可能还需要启用 nbextension:
jupyter nbextension enable --py [--sys-prefix|--user|--system] ipycytoscape
对于开发安装：
（需要npm）
虽然不是必需的，但我们建议创建一个conda环境来工作：
conda create -n ipycytoscape -c conda-forge jupyterlab nodejs conda activate ipycytoscape # clone repo git clone https://github.com/QuantStack/ipycytoscape.git cd ipycytoscape # Install python package for development, runs npm install and npm run build pip install -e .
在开发ipycytoscape时，需要使用 笔记本/实验室前端。对于实验室，这是通过以下命令完成的：
# install jupyterlab-manager and this extension
jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager --no-build
jupyter labextension install .
对于经典笔记本，您可以运行：
jupyter nbextension install --sys-prefix --symlink --overwrite --py ipycytoscape
jupyter nbextension enable --sys-prefix --py ipycytoscape
{cd4>在这里，{cd4>标志不能运行
每次重建扩展时，install命令。对于某些装置
您可能还需要另一个标志来代替--sys-prefix，但我们将不介绍其含义
这里的旗帜。在
如何看待你的变化
类型脚本：
要连续监视项目的更改并自动触发重建，请在监视模式下启动Jupyter：
jupyter lab --watch
在单独的会话中，开始查看源目录中的更改：
npm run watch
Python:
如果对python代码进行了更改，则需要重新启动笔记本内核以使其生效。在
如何在本地运行测试
使用pip安装必要的依赖项：
pip install -e .[test]
或者是曼巴舞：
mamba -c conda-forge install networkx pandas matplotlib nbval pytest
或者是康达：
conda -c conda-forge install networkx pandas matplotlib nbval pytest
并运行它：
pytest
许可证
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此软件是根据BSD-3条款许可证授权的。请参见 LICENSE文件以获取详细信息。在
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