包含Web界面的IFish探测器设计管道。
ifpd的Python项目详细描述
IFish探头设计
ifish探针设计(ifpd
)是一个python3软件包,包含选择互补寡核苷酸构建ifish探针的工具。它还包括一个web界面,通过消除对编程技能的任何要求,简化了过程。阅读联机documentation了解更多详细信息。
安装
如果您的计算机上安装了python3.6+和pip3
,您只需在终端上运行sudo -H pip3 install ifpd
。就这样!尽可能简单
您也可以从github(历史上的任何一点,尽管我们建议您使用发布标签)安装,如下所示:
git clone https://github.com/ggirelli/iFISH-probe-design/
cd iFISH-probe-design
sudo -H pip3 install .
有关安装通过pypi提供的包的指南,请查看this tutorial。
要求
ifish probe designer在python3中完全实现,因此需要python3来运行它。查看here如果您还没有python3,如何在您的计算机上安装它。
如果使用pip3
(如above所述)安装此软件包,则也会自动安装所有必需的库。不过,下面是所需库的列表(带版本):
bottle>=0.12.13
和paste>=2.0.3
:运行web服务器接口ggc>=0.0.3
:用于所有我的软件包通用的功能。matplotlib>=3.0.0
:绘制numpy>=1.14.2
、pandas>=0.22.0
和scipy>=1.0.0
:用于数据操作。
用法
有关如何运行ifish probe design的更多详细信息,请参阅联机documentation。
贡献
我们欢迎对iFISH-Probe-Design
的任何贡献。请参考contribution guidelines如果这是你第一次贡献!还有,看看我们的code of conduct。
许可证
MIT License
Copyright (c) 2016-2019 Gabriele Girelli