包含Web界面的IFish探测器设计管道。

ifpd的Python项目详细描述


IFish探头设计

DOI

ifish探针设计ifpd)是一个python3软件包,包含选择互补寡核苷酸构建ifish探针的工具。它还包括一个web界面,通过消除对编程技能的任何要求,简化了过程。阅读联机documentation了解更多详细信息。

安装

如果您的计算机上安装了python3.6+和pip3,您只需在终端上运行sudo -H pip3 install ifpd。就这样!尽可能简单

您也可以从github(历史上的任何一点,尽管我们建议您使用发布标签)安装,如下所示:

git clone https://github.com/ggirelli/iFISH-probe-design/
cd iFISH-probe-design
sudo -H pip3 install .

有关安装通过pypi提供的包的指南,请查看this tutorial

要求

ifish probe designer在python3中完全实现,因此需要python3来运行它。查看here如果您还没有python3,如何在您的计算机上安装它。

如果使用pip3(如above所述)安装此软件包,则也会自动安装所有必需的库。不过,下面是所需库的列表(带版本):

  • bottle>=0.12.13paste>=2.0.3:运行web服务器接口
  • ggc>=0.0.3:用于所有我的软件包通用的功能。
  • matplotlib>=3.0.0:绘制
  • numpy>=1.14.2pandas>=0.22.0scipy>=1.0.0:用于数据操作。

用法

有关如何运行ifish probe design的更多详细信息,请参阅联机documentation

贡献

我们欢迎对iFISH-Probe-Design的任何贡献。请参考contribution guidelines如果这是你第一次贡献!还有,看看我们的code of conduct

许可证

MIT License
Copyright (c) 2016-2019 Gabriele Girelli

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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