iclip数据分析的计算管道
iCount的Python项目详细描述
icount:蛋白质与rna相互作用分析
icount是一个python模块和相关的命令行界面(cli)。 它提供处理ICLIP数据所需的所有命令 蛋白质与rna的相互作用和产生:
- 解复用和适配器修剪的fastq文件,
- 具有映射ICLIP读取的BAM文件,
- 已识别的蛋白质rna交联位点,保存到bed文件中,
- 由具有统计学意义的交叉连接位点组成的峰值,保存 要存放文件,
- 重要的交叉链接站点集群,保存到bed文件中,
- 单个复制实验分组,
- 显示交联位置分布的rnamap生成 与基因组标记相关的位点,
- Kmer富集分析,
- 以及其他。
你可以从 tutorial或 潜入 documentation。
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