iclip数据分析的计算管道

iCount的Python项目详细描述


Build StatusPyPI versioncodecovCodacy BadgeCLA assistantDocker Automated buildDocumentation Status

icount:蛋白质与rna相互作用分析

icount是一个python模块和相关的命令行界面(cli)。 它提供处理ICLIP数据所需的所有命令 蛋白质与rna的相互作用和产生:

  • 解复用和适配器修剪的fastq文件,
  • 具有映射ICLIP读取的BAM文件,
  • 已识别的蛋白质rna交联位点,保存到bed文件中,
  • 由具有统计学意义的交叉连接位点组成的峰值,保存 要存放文件,
  • 重要的交叉链接站点集群,保存到bed文件中,
  • 单个复制实验分组,
  • 显示交联位置分布的rnamap生成 与基因组标记相关的位点,
  • Kmer富集分析,
  • 以及其他。

你可以从 tutorial或 潜入 documentation

作者

iCount由Tomaž Curk开发和支持 从Bioinformatics LaboratoryUniversity of LjubljanaFaculty of Computer and Information Science和 与Jernej Ule实验室合作。

发展始于2008年底,当时托马库克和格雷戈罗特 写了iCount的第一个原型。2016年年中,Jure Zmrzlikar来自 Genialis帮助重构和改进 代码,现在可以在这里找到。详细和完整 致谢,请参阅中的how to cite部分 文件。

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