用于将IBL数据转换为NWB格式的工具
ibl-to-nwb的Python项目详细描述
IBL到nwb
这个存储库包含用于将IBL特定神经生理学数据以开源ONE格式（Alyx+ALF）转换为NWB数据标准的模块。在
- ^{/str{1与一个受支持的元数据相关联的一个元数据：str-1，包含一个与此数据相关联的详细信息。在
- ALF：所有实验数据的存储格式：电生理时间序列（原始+处理）、试验数据、分类峰值数据、行为（原始+处理）、刺激。
下图显示了从ALF/ALyx到NWB的映射：
用法：
- 在
IBL到NWB的转换（使用API）：
- 在
安装：
cd desired-path git clone https://github.com/catalystneuro/IBL-to-nwb.git cd IBL-to-nwb
从创建虚拟环境并安装依赖项要求.txt公司名称：
^{pr2}$ 在 - 在
使用ONEapi检索感兴趣的实验的id:
fromoneibl.oneimportONEone=ONE()# use the ONE doc to use correct search terms to retrieve the eideid=one.search(date_range=['2020-03-23','2020-03-24'],subject='CSH_ZAD_011')[0]# example eid:eid='da188f2c-553c-4e04-879b-c9ea2d1b9a93'
在 - 在
使用eid生成一个json文件，其中包含从服务器收集的所有数据/元数据（示例输出file）：
from.ibl_nwbimportAlyx2NWBMetadatametadata_object=Alyx2NWBMetadata(eid=eid,one_obj=one)# alternatively, you can also provide one search **kwargs directly:metadata_obj=Alyx2NWBMetadata(date_range=['2020-03-23','2020-03-24'],subject='CSH_ZAD_011')json_save_loc=r'path-to-save-json-file.json'metadata_obj.write_metadata(json_save_loc)
在 - 在
使用保存的json文件生成nwb文件：
from.ibl_nwbimportAlyx2NWBConverternwb_saveloc=r'nwb-save-path.nwb'save_raw=False# keep as true if you want to add raw (ephysData.raw.* , camera.raw*) files, these are large files and will take time to download and create the nwbfile!!converter=Alyx2NWBConverter(nwb_metadata_file=json_save_loc,saveloc=nwb_saveloc,save_raw=save_raw)# alternatively you can also provide the metadata object:converter=Alyx2NWBConverter(metadata_obj=metadata_obj,saveloc=nwb_saveloc)# create nwb file: converter.run_conversion()converter.write_nwb()
在
这将创建一个nwb文件。Example file。在
在 - 在
- 在
IBL到NWB的转换（使用GUI）：
from.ibl_nwbimportAlyx2NWBGuiAlyx2NWBGui(eid=eid,nwbfile_saveloc=nwb_saveloc,metadata_fileloc=json_save_loc)#alternatively provide the one search kwargs:Alyx2NWBGui(nwbfile_saveloc=nwb_saveloc,metadata_fileloc=json_save_loc,dataset_types=['_iblmic_audioSpectrogram.frequencies''])
这将打开一个gui，允许您编辑nwbfile/ibl会话相关的元数据，还可以使用
run_conversion按钮将其转换为nwb。查看下面有关如何导航此gui的动画：
在 - 在
在Jupyter笔记本中使用nwbwigets可视化nwb文件：
frompynwbimportNWBHDF5IOfromnwbwidgetsimportnwb2widgetfromIPython.displayimportdisplayio=NWBHDF5IO(r"path-to-saved-nwb-file.nwb",mode='r',load_namespaces=True)nwb=io.read()a=nwb2widget(nwb)display(a)
在
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