hybkit 0.2.0

海布基特

此项目包含多个组件：

1. hybkit工具集，用于操作的命令行实用程序， 分析和绘制包含在hyb格式文件中的数据。在
2. 使用qCLASH混合序列数据分析工具包分析管道。在
3. hybkit python API，一个可扩展的文档化代码库 用于创建hyb格式数据的自定义分析。在

Hybkit工具包：

hybkit包含用于操作“.hyb”格式数据的命令行实用程序：

Utility	Description
hyb_check	Read a “.hyb” file and check for errors
hyb_analyze	Analyze and set details for hyb records, such as segtypes
hyb_filter	Filter a “.hyb” file to a specific subset of sequences
hyb_type_analysis (pending)	Perform a type analysis on a prepared “hyb” file
hyb_mirna_count_anlaysis (pending)	Perform a miRNA_count analysis on a prepared “hyb” file
hyb_summary_anlaysis (pending)	Perform a summary analysis on a prepared “hyb” file
hyb_mirna_target_analysis (pending)	Perform a mirna_target analysis on a prepared “hyb” file
hyb_fold_analysis (pending)	Perform a fold analysis on a prepared “hyb” file

这些脚本在命令行上与hyb格式的文件一起使用。例如，要过滤 hyb文件只包含序列标识符包含字符串“kshv”的混合体：

$ hyb_filter -i my_hyb_file.hyb --filter seg_contains kshv

中提供了有关每个脚本用法的详细信息 hybkit’s ReadTheDocs的hybkit工具箱部分。在

管道：

Hybkit提供了几个示例管道，用于使用 工具箱中提供的实用程序。其中包括：

pipeline	description
Summary Analysis	Summarize the sequence and miRNA types in a hyb file
Target Analysis	Analyze targets of a set of miRNA
Grouped Target Analysis	Analyze targets of a set of miRNA with grouped replicates
Fold Analysis	Analyze fold patterns of miRNA-containing hybrids
Fold Target Region Analysis	Perform fold analysis separated by targeted mRNA region

这些管道以表格和图形的形式提供分析结果。 作为说明，示例摘要分析包括返回 包含的混合序列类型同时作为csv表和饼图：

CSV Output

有关每个提供的管道的详细信息，请参阅 hybkit’s ReadTheDocs的示例管道部分。在

Hybkit API:

Hybkit为Python3模块提供了一个文档化的API，用于与 记录在“.hyb”文件中。 该功能的灵感来自于 BioPython Project。主要公用设施由 对象用于表示hyb文件中的hyb记录。这些记录已分配 可访问属性，并且可以使用内置函数进行分析。 例如，只打印“.hyb”文件中序列标识符的工作流 含有miRNA的可以这样执行：

^{pr2}$

有关hybkit API的更多文档可以在 hybkit-API节，hybkit’s ReadTheDocs。在

Hybkit仍在测试中。欢迎使用ds@ufl.edu提供反馈和意见！在

安装

Hybkit需要python3.6+和 matplotlib包。在

推荐的安装方法是通过hybkit的 PyPI Package Index使用 python3 pip，这将 自动处理版本控制和依赖项安装：

$ pip install hybkit

还可以通过克隆项目的Github存储库来获取包：

$ git clone git://github.com/RenneLab/hybkit

或者下载压缩包：

$ curl -OL https://github.com/dstrib/hybkit/archive/master.zip
$ unzip master.zip

然后使用python的setuptools进行安装：

$ python setup.py install

有关hybkit用法的更多文档可以在hybkit’s ReadTheDocs中找到。在