HTSinfer从高吞吐量排序（HTS）数据推断元数据
htsinfer的Python项目详细描述
HTSinfer公司
HTSinfer从高吞吐量排序（HTS）数据推断元数据
使用
htsinfer [-hv]
参数
^{pr2}$扩展使用
本地运行
要使用包，请克隆存储库并安装依赖项：
git clone https://github.com/zavolanlab/htsinfer
cd htsinfer
pip install -r requirements.txt
python setup.py install
NOTE: You may want to install dependencies inside a virtual environment, e.g., using
virtualenv.
要验证安装是否正确，可以运行附带的测试 包装：
python -m pytest
然后可以通过CLI脚本htsinfer运行包，如中所述
Usage部分。在
在容器内运行
如果你已经安装了Docker，你也可以拉Docker 图片：
docker pull zavolab/htsinfer:latest
脚本可以在目录/home/user/htsinfer/src中找到
码头集装箱。在
Docker映像包含CLI脚本htsinfer的入口点，以便
您可以运行它，例如，使用：
docker run --rm -it zavolab/htsinfer:latest --help
NOTE: To run the tool on your own data in that manner, you will probably need to [mount a volume][res-docker-volume] to allow the container read input files and write persistent output from/to the host file system.
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（c）2020年Zavolan lab, Biozentrum, University of Basel
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