用于在集群上使用htseq的htseq count脚本运行多个pbs/qsub作业的cli。
HTSeqCountCluster的Python项目详细描述
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/datasnakes/htseq-count-cluster.svg？branch=master）（https://travis ci.org/datasnakes/htseq count cluster）
`pip install htseqcountcluster`
一个计数表/csv文件
-使用"tophat"
此脚本用于使用pbs（qsub）进行作业监视的
群集。
``bash
htseq count cluster-p path/to/bam files/-f samples.csv-g genes.gtf-o path/to/cluster output/
```
|说明必需
：————————————————————————————————————————————————————————————————-----：：————————————————————————————————————————————————————————————————————————这是.bam文件的路径。目前，此脚本将查找一个作为示例名称的文件夹，并搜索一个已接受的hits.bam文件（tophat output）。|是的
`-i`您应该有一个包含示例或文件夹名称的csv文件列表（没有标题）。|是的，这应该是genes.gtf文件的路径。|是
`-o`这应该是输出计数文件的现有目录。|是的
在特定的
shell中，没有程序结束并使用另一个shell。
htseq count周围的行包装。
可选参数：
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
-p inpath，--inpath inpath
示例/示例文件夹的路径。
-f infile，--infile infile
指向您的名称或路径r输入csv文件。
-g gtf，--gtf gtf名称或gtf/gff文件的路径。
-o outpath，--outpath outpath
输出计数文件的目录。计数文件
将被命名。
-e email，--email email
要将脚本完成发送到的电子邮件地址。
*确保htseq count在您的路径中。
`````
p对于"deseq2"、"limma"或"edger"的数据，最好有1个合并的
计数文件，而不是由"htseq count cluster"脚本生成的多个文件。我们将此
作为独立脚本提供，因为将这些文件分开可能会很有用。
``bash
merge counts-d path/to/cluster output/
````
````
```
用法：merge counts[-h]-d directory
merge multiple counts tables into 1 counts.csv文件。
/>
可选参数：
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
-d目录，--目录目录
计数文件文件夹的路径。
````
/>-添加示例数据。
维护者
shaurita hutchints；[@sdhutchints（https://github.com/sdhuutchins）shaurita hutchinta hutchints（http://github.com/sdhuutchins）shaurita hutchints；[[9993；（邮箱：sdhuutchins@outlook.com）
rob gilmore；[@grabear（https://github.com/grabear）（https://github.com/grabear.com/grabear）grabear；[[[[[9993；帮助如果您有问题/反馈/问题，请随时[打开问题]（https://github.com/datasnakes/htseq-count-cluster/issues/new）或[提交请求]（https://github.com/datasnakes/htseq-count-cluster/compare）向此项目添加功能/重构等。
`pip install htseqcountcluster`
一个计数表/csv文件
-使用"tophat"
此脚本用于使用pbs（qsub）进行作业监视的
群集。
``bash
htseq count cluster-p path/to/bam files/-f samples.csv-g genes.gtf-o path/to/cluster output/
```
|说明必需
：————————————————————————————————————————————————————————————————-----：：————————————————————————————————————————————————————————————————————————这是.bam文件的路径。目前，此脚本将查找一个作为示例名称的文件夹，并搜索一个已接受的hits.bam文件（tophat output）。|是的
`-i`您应该有一个包含示例或文件夹名称的csv文件列表（没有标题）。|是的，这应该是genes.gtf文件的路径。|是
`-o`这应该是输出计数文件的现有目录。|是的
在特定的
shell中，没有程序结束并使用另一个shell。
htseq count周围的行包装。
可选参数：
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
-p inpath，--inpath inpath
示例/示例文件夹的路径。
-f infile，--infile infile
指向您的名称或路径r输入csv文件。
-g gtf，--gtf gtf名称或gtf/gff文件的路径。
-o outpath，--outpath outpath
输出计数文件的目录。计数文件
将被命名。
-e email，--email email
要将脚本完成发送到的电子邮件地址。
*确保htseq count在您的路径中。
`````
p对于"deseq2"、"limma"或"edger"的数据，最好有1个合并的
计数文件，而不是由"htseq count cluster"脚本生成的多个文件。我们将此
作为独立脚本提供，因为将这些文件分开可能会很有用。
``bash
merge counts-d path/to/cluster output/
````
````
```
用法：merge counts[-h]-d directory
merge multiple counts tables into 1 counts.csv文件。
/>
可选参数：
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
-d目录，--目录目录
计数文件文件夹的路径。
````
/>-添加示例数据。
维护者
shaurita hutchints；[@sdhutchints（https://github.com/sdhuutchins）shaurita hutchinta hutchints（http://github.com/sdhuutchins）shaurita hutchints；[[9993；（邮箱：sdhuutchins@outlook.com）
rob gilmore；[@grabear（https://github.com/grabear）（https://github.com/grabear.com/grabear）grabear；[[[[[9993；帮助如果您有问题/反馈/问题，请随时[打开问题]（https://github.com/datasnakes/htseq-count-cluster/issues/new）或[提交请求]（https://github.com/datasnakes/htseq-count-cluster/compare）向此项目添加功能/重构等。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
