高性能优化器，通过线性脉冲从钙成像数据中提取尖峰时间和细胞位置
hotaru的Python项目详细描述
霍塔鲁
高性能优化器，通过线性脉冲从钙成像数据中提取尖峰时间和细胞位置
作者
TAKEKAWA Takashitakekawa@tk2lab.org
参考
- Takekawa.，T.等人。， 大型钙成像数据自动分类系统，bioRxiv（2017）。 https://doi.org/10.1101/215145
安装
要求
- python>；=3.7
- tensorflow>；=2.2.0
安装程序（使用venv）
- 为hotaru创建venv环境
python3.x -m venv hotaru
- 激活hotaru环境
source hotaru/bin/activate
- 安装hotaru
pip install hotaru
使用
应用方法
- （在hotaru venv）
mkdir workcd workcp somewhere/TARGET.tif imgs.tifhotaru confighotaru run- （见outs目录）
配置选项
- 设置电影采样率
hotaru config --hz 20.0 - 设置掩码文件（tif或npy）
hotaru config --mask-type mask.tif - 设置钙动力学
hotaru config --tau-rise 0.08 --tau-fall 0.16 - 设置候选单元格大小
hotaru config --radius-type log --radius "2.0,40.0,13"hotaru config --radius-type linear --radius "2.0,11.0,10"hotaru config --radius-type manual --radius "2,3,4,5,6,7,8,9,10"
检查结果
- （在hotaru venv和work dir中）
tensorboard --logidr logs- 在web浏览器中打开
http://localhost:6006
- 项目
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