处理、分析和可视化HI-C数据的程序集
HiCExplorer的Python项目详细描述
…图片：：https://travis-ci.org/deeptools/hicexplorer.svg？branch=master
：目标：https://travis ci.org/deeptools/hicexplorer
。图片：：https://readthedocs.org/projects/hicexplorer/badge/？version=latest
：目标：http://hicexplorer.readthedocs.io/？徽章=最新的
…图片：：https://anaconda.org/bioconda/hicexplorer/badges/installer/conda.svg
：目标：https://anaconda.org/bioconda/hicexplorer
…图片：：https://quay.io/repository/biocontainers/hicexplorer/status
：目标：https://quay.io/repository/biocontainers/hicexplorer
…图片：：https://badge.fury.io/py/hicexplorer.svg
：目标：https://badge.fury.io/py/hicexplorer
处理、分析和可视化hi-c数据的程序集探测基因组三维结构的技术产生大量数据，其处理、分析和可视化具有挑战性。在这里，我们介绍了hicexplorer，一套用于染色体构象数据分析和可视化的工具。hicexplorer有助于创建接触矩阵、校正接触、tad检测、a/b间隔、合并、重新排序或染色体、从不同格式转换（包括
`cooler<；https://github.com/mirnylab/cooler>；`）和远程接触检测。此外，它还允许可视化
多个接触矩阵以及其他类型的数据，如基因、间隔、芯片序列覆盖轨迹（通常
任何类型的基因组评分）、长距离接触和视点的可视化。/>
Fidel Ramirez、Vivek Bhardwaj、Jose Villaveces、Laura Arrigoni、Bjoern A Gruening、King Chung Lam、Bianca Habermann、Asifa Akhtar、Thomas Manke。
**"高分辨率TADS揭示了苍蝇基因组组织的DNA序列"。自然通信**，第9卷，文章编号：189（2018），DOI:https://doi.org/10.1038/s41467-017-02525-w
**"Galaxy HicExplorer:用于可复制HI-C数据分析、质量控制和可视化的Web服务器"，核酸研究**，第46卷，第W1期，2018年7月2日，第W11-W16页，DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gky504
。图片：./docs/images/hicex2.png
availability
^^^^^^^^^^^^^
hicexplorer可以作为**命令行工具套件**在这个Github存储库和其他平台上使用（详见下面的*安装*部分）。
a**Galaxy Hicexplorer版本**致http://hicexplorer.useglaxy.eu上的用户。培训材料可在"Galaxy Training Network"上获得，lt；http://galaxyproject.github.io/training material/topics/epigenetics/tutorials/hicexplorer/tutorial.html>；` `，
而Galaxy Tour可在"here"上获得，而https://hicexplorer.useglaxy.eu/tours/hixexplorer>；` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `伊利亚在这个平台上。galaxy hicexplorer也可以在"docker galaxy hicexplorer github repository<；https://github.com/deeptools/docker galaxy hicexplorer>；"上作为docker图像提供。最后，galaxy版本可以在"galaxy tool shed"和相应的"github repository"上找到，在"galaxy tool shed"和"https://toolshed.g2.bx.psu.edu/>；"以及相应的"github repository"上找到，在2.0版中，hiexplorer是可用的。适用于python 2和python 3，可通过以下方式安装：
-pip、anaconda和github以供命令行使用。
-toolshed和docker image用于在galaxy服务器上集成。
详情请参见
`此处<；https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/installatiohtml>；``.
>br/>++++++++++++++++
>
>使用conda进行安装
>使用conda进行安装最简单的安装方法是使用bioconda<；http://bioconda.gitub.github.io/>；`
++++++++++
>/>$conda安装hicexplorer-c bioconda-c conda forge
$pip安装hicexplorer
>通过克隆这个存储库来安装。_
通过克隆此git存储库，您可以在命令行
（linux/mac）上安装任何hicexplorer分支：
：：
$git clone https://github.com/deeptools/hicexplorer.git
$cd hicexplorer
$python setup.py install
fix/user/tools/hicexplorer
galaxy版本
+++____________
galaxy hicexplorer是"galaxy tool shed"的一部分，它可以从galaxy tool shed<；https://toolshed.g2.bx.psu.edu/>；`uu安装到任何galaxy服务器，然后访问"此链接"<；https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository/browse\u repository？id=f1554978eeb3da8b>；`.
文档：
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
请访问我们完整的文档`here<；http://hicexplorer.readthedocs.org/>；` `。此文档也可以直接在"galaxy"中获得，网址为http://hicexplorer.useglaxy.eu/>；` `.
：目标：https://travis ci.org/deeptools/hicexplorer
。图片：：https://readthedocs.org/projects/hicexplorer/badge/？version=latest
：目标：http://hicexplorer.readthedocs.io/？徽章=最新的
…图片：：https://anaconda.org/bioconda/hicexplorer/badges/installer/conda.svg
：目标：https://anaconda.org/bioconda/hicexplorer
…图片：：https://quay.io/repository/biocontainers/hicexplorer/status
：目标：https://quay.io/repository/biocontainers/hicexplorer
…图片：：https://badge.fury.io/py/hicexplorer.svg
：目标：https://badge.fury.io/py/hicexplorer
处理、分析和可视化hi-c数据的程序集探测基因组三维结构的技术产生大量数据，其处理、分析和可视化具有挑战性。在这里，我们介绍了hicexplorer，一套用于染色体构象数据分析和可视化的工具。hicexplorer有助于创建接触矩阵、校正接触、tad检测、a/b间隔、合并、重新排序或染色体、从不同格式转换（包括
`cooler<；https://github.com/mirnylab/cooler>；`）和远程接触检测。此外，它还允许可视化
多个接触矩阵以及其他类型的数据，如基因、间隔、芯片序列覆盖轨迹（通常
任何类型的基因组评分）、长距离接触和视点的可视化。/>
Fidel Ramirez、Vivek Bhardwaj、Jose Villaveces、Laura Arrigoni、Bjoern A Gruening、King Chung Lam、Bianca Habermann、Asifa Akhtar、Thomas Manke。
**"高分辨率TADS揭示了苍蝇基因组组织的DNA序列"。自然通信**，第9卷，文章编号：189（2018），DOI:https://doi.org/10.1038/s41467-017-02525-w
**"Galaxy HicExplorer:用于可复制HI-C数据分析、质量控制和可视化的Web服务器"，核酸研究**，第46卷，第W1期，2018年7月2日，第W11-W16页，DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gky504
。图片：./docs/images/hicex2.png
availability
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hicexplorer可以作为**命令行工具套件**在这个Github存储库和其他平台上使用（详见下面的*安装*部分）。
a**Galaxy Hicexplorer版本**致http://hicexplorer.useglaxy.eu上的用户。培训材料可在"Galaxy Training Network"上获得，lt；http://galaxyproject.github.io/training material/topics/epigenetics/tutorials/hicexplorer/tutorial.html>；` `，
而Galaxy Tour可在"here"上获得，而https://hicexplorer.useglaxy.eu/tours/hixexplorer>；` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `伊利亚在这个平台上。galaxy hicexplorer也可以在"docker galaxy hicexplorer github repository<；https://github.com/deeptools/docker galaxy hicexplorer>；"上作为docker图像提供。最后，galaxy版本可以在"galaxy tool shed"和相应的"github repository"上找到，在"galaxy tool shed"和"https://toolshed.g2.bx.psu.edu/>；"以及相应的"github repository"上找到，在2.0版中，hiexplorer是可用的。适用于python 2和python 3，可通过以下方式安装：
-pip、anaconda和github以供命令行使用。
-toolshed和docker image用于在galaxy服务器上集成。
详情请参见
`此处<；https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/installatiohtml>；``.
>br/>++++++++++++++++
>
>使用conda进行安装
>使用conda进行安装最简单的安装方法是使用bioconda<；http://bioconda.gitub.github.io/>；`
++++++++++
>/>$conda安装hicexplorer-c bioconda-c conda forge
$pip安装hicexplorer
>通过克隆这个存储库来安装。_
通过克隆此git存储库，您可以在命令行
（linux/mac）上安装任何hicexplorer分支：
：：
$git clone https://github.com/deeptools/hicexplorer.git
$cd hicexplorer
$python setup.py install
fix/user/tools/hicexplorer
galaxy版本
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galaxy hicexplorer是"galaxy tool shed"的一部分，它可以从galaxy tool shed<；https://toolshed.g2.bx.psu.edu/>；`uu安装到任何galaxy服务器，然后访问"此链接"<；https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository/browse\u repository？id=f1554978eeb3da8b>；`.
文档：
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请访问我们完整的文档`here<；http://hicexplorer.readthedocs.org/>；` `。此文档也可以直接在"galaxy"中获得，网址为http://hicexplorer.useglaxy.eu/>；` `.
欢迎加入QQ群-->： 979659372
