巨蟒织物
hetio的Python项目详细描述
python中的hetnets
包重新定位
critical:
这是包名changes到hetnetpy
之前的最后一个版本。
未来的发展将发生在hetio/hetnetpy
repository。
pypi版本将在https://pypi.org/project/hetnetpy/提供。
v0.2.11的用户在导入hetio
时将看到一个警告。
这些用户应该切换到使用hetnetpy
,或者降级到hetio<=0.2.10
,以避免出现警告。
背景
hetnets:hetnets,也就是calledheterogeneous information networks,是具有多个节点和边类型的图。hetnets既是多部分的,又是多关系的。它们为数据集成提供了一个可伸缩、直观、无摩擦的结构。
purpose:此包为hetnets提供数据结构,并为edge prediction提供算法。它只支持hetnets,这是它相对于其他网络软件的主要优势。支持节点/边缘属性和边缘方向性。
推动力:发展起源于预测疾病相关基因的study,并继续进行连续的study以重新利用药物。
caution:文档目前不稳定,测试覆盖率适中,而且api不完全稳定。欢迎捐款。请使用GitHub Issues进行反馈、问题或疑难解答。
安装
请使用Python3.4或更高版本。要安装当前的pypi版本(推荐),请运行:
pip install hetio
对于最新的github版本,请运行:
pip install git+https://github.com/hetio/hetio.git#egg=hetio
要进行开发,请克隆或下载并提取存储库。然后从存储库的根目录运行pip install --editable .
。--editable
标志指定editable模式,因此更新源代码将更新您的安装。
安装后,可以通过从存储库的根目录运行py.test test/
来执行测试。
设计
Graph对象存储异构网络并依赖于以下类:
- 图表
- 元图
- 边缘
- 元边缘
发布说明
本节仅适用于项目维护人员。 travis ci部署用于将发布上载到PyPI和GitHub releases。 要创建新版本,请执行以下操作:
TAG=v`python setup.py --version` git add hetio/__init__.py release-notes/$TAG.* git commit --message "Prepare $TAG release" git push git tag --annotate $TAG --file release-notes/$TAG.* git push upstream $TAG
- 建议:编辑github版本以改进格式并添加zenodo徽章。