巨蟒织物

hetio的Python项目详细描述


python中的hetnets

Latest DOIGitHub issuesBuild Status

包重新定位

critical: 这是包名changeshetnetpy之前的最后一个版本。 未来的发展将发生在hetio/hetnetpyrepository。 pypi版本将在https://pypi.org/project/hetnetpy/提供。

v0.2.11的用户在导入hetio时将看到一个警告。 这些用户应该切换到使用hetnetpy,或者降级到hetio<=0.2.10,以避免出现警告。

背景

hetnets:hetnets,也就是calledheterogeneous information networks,是具有多个节点和边类型的图。hetnets既是多部分的,又是多关系的。它们为数据集成提供了一个可伸缩、直观、无摩擦的结构。

purpose:此包为hetnets提供数据结构,并为edge prediction提供算法。它只支持hetnets,这是它相对于其他网络软件的主要优势。支持节点/边缘属性和边缘方向性。

推动力:发展起源于预测疾病相关基因的study,并继续进行连续的study以重新利用药物。

caution:文档目前不稳定,测试覆盖率适中,而且api不完全稳定。欢迎捐款。请使用GitHub Issues进行反馈、问题或疑难解答。

安装

PyPI

请使用Python3.4或更高版本。要安装当前的pypi版本(推荐),请运行:

pip install hetio

对于最新的github版本,请运行:

pip install git+https://github.com/hetio/hetio.git#egg=hetio

要进行开发,请克隆或下载并提取存储库。然后从存储库的根目录运行pip install --editable .--editable标志指定editable模式,因此更新源代码将更新您的安装。

安装后,可以通过从存储库的根目录运行py.test test/来执行测试。

设计

Graph对象存储异构网络并依赖于以下类:

  1. 图表
  2. 元图
  3. 边缘
  4. 元边缘

发布说明

本节仅适用于项目维护人员。 travis ci部署用于将发布上载到PyPIGitHub releases。 要创建新版本,请执行以下操作:

  1. ^{}中插入版本。

  2. ^{}中添加发行说明文件。 格式化为将用作github版本说明的提交消息。

  3. 运行以下命令:

TAG=v`python setup.py --version`
git add hetio/__init__.py release-notes/$TAG.*
git commit --message "Prepare $TAG release"
git push
git tag --annotate $TAG --file release-notes/$TAG.*
git push upstream $TAG
  1. 建议:编辑github版本以改进格式并添加zenodo徽章。

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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