心率分析工具包
heartp的Python项目详细描述
2018年人文大会上致我们朋友的一封信
这是在荷兰海牙举行的2018年人文主义会议上提出的一揽子计划。请注意,它总是处于积极的发展中。无论何时将其包含在您的研究中,都可以从这个github中获取最新版本。支持始终位于:P.vanGent@tudelft.nl。
感谢您的关注
安装
python -m setup.py install
或者,我们也在pip:
python -m pip install heartpy
就这样!
官方文档
官方文件在网上!You can find the official documentation here
Heartpy-Python心率分析工具包
heartpy,python心率分析工具包是python中用于心率分析的模块。它最初是纯python实现,用于分析自然主义驾驶和自行车实验中获取的生理数据。
该模块接收一个离散的心率信号,并输出经常在科学文献中找到的时域和频域测量值:
时域:
- 每分钟心跳,bpm
- 层间间隔,ibi
- 相邻节拍间隔的标准差,sdnn
- 相邻r-r间隔间连续差的标准差,sdsd
- 相邻r-r间隔间连续差的均方根,rmssd
- R-R间隔大于20毫秒、50毫秒、PNN20、PNN50的差异比例
- 绝对偏差中值,mad
频域
- 低频分量(0.04-0.15Hz),lf
- 高频分量(0.16-0.5Hz),高频
- 低频/高频比,低频/高频
在您的研究中使用该软件包时,请引用:
Van Gent,P.,Farah,H.,Van Nes,N.,和Van Arem,B.(2018年)。人为因素心率分析:噪声自然心率数据开源工具包的开发和验证。第六届人文主义会议记录(第173页,178欧元)。
范根特,P.范,法拉,H.,内斯,N.范,阿雷姆,B.范。(提交了手稿)。使用现成的传感器实时分析嘈杂的驾驶员生理:快车道项目的心率分析软件。doi:doi.org/10.13140/rg.2.2.24895.56485
文档
You can find the official documentation here
在某种程度上,我的教程系列中也介绍了该模块:
- Analyzing a Discrete Heart Rate Signal Using Python - Part 1
- Analyzing a Discrete Heart Rate Signal Using Python - Part 2
- Analyzing a Discrete Heart Rate Signal Using Python - Part 3
- 用python分析离散心率信号.第4部分:开发中
许可证
该模块在GNU General Public License Version3, GPL-v3下获得许可
验证
验证的初步结果已在[1,2]中报告。论文发表后,很快就会有更新。
[1]Van Gent,P.,Farah,H.,Van Nes,N.,和Van Arem,B.(2018年)。人为因素心率分析:噪声自然心率数据开源工具包的开发和验证。第六届人文主义会议记录(第173页,178欧元)。
[2]范根特,P.范,法拉,H.,内斯,N.范,阿雷姆,B.范。(提交出版的手稿)。一种新的用于噪声信号分析的心率算法。
待办事项
该模块仍在积极开发中。有关过去的更改,请参阅更改日志。接下来几个月的任务是:
在v1.2之前要执行的操作
- [X]验证物理网络数据集的性能
- []更新阈值参数优化,以处理双峰和大部分信号包含很少到没有hr的情况
- []报告回购的验证绩效(已发表的论文+关键点文档)
- [X]添加R位置插值(“高精度”模式)
- [X]处理信号中存在强T峰的情况
- []包括pip版本的示例数据
- []更改峰值拟合以局部优化而不是全局优化,以便更好地处理带有噪声中间部分的长信号
- [X]改变分段分析方法,对整个信号进行一次峰值检测,然后从工作的数据对象进行分段计算(急剧加速)