银河工作流程格式2说明
gxformat2的Python项目详细描述
这个包定义了一个称为“格式”的高级工作流描述Galaxy 2英寸。此时,这些工作流完全是在客户端定义的,并且 转换成传统(或格式1?)Galaxy工作流。
传统的galaxy工作流描述并不简洁,而是 既不可读也不可读。格式2解决所有三个问题 这些限制。
格式2工作流是一种高度实验性的格式,在 在代码合并到 Galaxy服务器,默认启用。
- 免费软件:学术免费许可3.0版
- 文档:https://galaxy-lib.readthedocs.org。
- 代码:https://github.com/galaxyproject/galaxy-lib
历史记录
0.9.0(2019-07-08)
- 在gxformat2中实现默认值。
0.8.4(2019-06-24)
- 修复0的输出ID。
0.8.3(2019-05-23)
- 实现集合列pja。
0.8.2(2019-03-16)
- 允许实验工具创建api的另一个api返回选项。
0.8.1(2019-03-11)
- 实现更改数据类型pja。
0.8.0(2018-11-01)
- 实现实验性的cwl样式的步骤默认值(请参见galaxy pr 6850)。
0.7.1(2018-10-09)
- 0.7.1中的各种小修改。
0.7.0(2018-10-08)
- 添加一些基本测试用例。
- 允许步骤的ID映射样式列表。
- 允许CWL样式的$graph defs可以在单个文件中定义多个工作流。
- 在导入时消除重复子工作流定义的初始工作。
- 导出工作流时修复位置处理。
0.6.1(2018-10-01)
- 修复非数据参数和隐式工作流连接的导出。
0.6.0(2018-10-01)
- 各种修复,允许id映射样式的工作流输入定义。
0.5.0(2018-10-01)
- 对于pja的更多修复,添加doc关键字来格式化2个工作流以匹配cwl工作流。将本地galaxy工作流映射为批注。
0.4.0(2018-10-01)
- 修复了将工作流从native.ga导出为格式2时导出pja的问题。
0.3.2(2018-10-01)
- 修复了将工作流程输出从native.ga导出为格式2的问题,支持现代地图样式的输出定义,如cwl 1.0。
0.3.1(2018-10-01)
- 将子工作流从native.ga导出为格式2的修复程序。
0.3.0(2018-09-30)
- 更多的cwl风格的输入,从本机工作流转换的初始工作,各种小的修正和调整。
0.2.0(2018-02-21)
- 引入最新的galaxy更新-python 3修复,安全的yaml使用,以及更多的pja实现。
0.1.1(2016-08-15)
- 修复一个python 3不兼容。
0.1.0(2016-05-02)
- 初始版本-galaxy测试框架中的代码 基于planemo测试。