银河工作流程格式2说明

gxformat2的Python项目详细描述


https://readthedocs.org/projects/pip/badge/?version=latesthttps://badge.fury.io/py/gxformat2.svghttps://travis-ci.org/jmchilton/gxformat2.png?branch=masterhttps://coveralls.io/repos/jmchilton/gxformat2/badge.svg?branch=master

这个包定义了一个称为“格式”的高级工作流描述Galaxy 2英寸。此时,这些工作流完全是在客户端定义的,并且 转换成传统(或格式1?)Galaxy工作流。

传统的galaxy工作流描述并不简洁,而是 既不可读也不可读。格式2解决所有三个问题 这些限制。

格式2工作流是一种高度实验性的格式,在 在代码合并到 Galaxy服务器,默认启用。

历史记录

0.9.0(2019-07-08)

  • 在gxformat2中实现默认值。

0.8.4(2019-06-24)

  • 修复0的输出ID。

0.8.3(2019-05-23)

  • 实现集合列pja。

0.8.2(2019-03-16)

  • 允许实验工具创建api的另一个api返回选项。

0.8.1(2019-03-11)

  • 实现更改数据类型pja。

0.8.0(2018-11-01)

  • 实现实验性的cwl样式的步骤默认值(请参见galaxy pr 6850)。

0.7.1(2018-10-09)

  • 0.7.1中的各种小修改。

0.7.0(2018-10-08)

  • 添加一些基本测试用例。
  • 允许步骤的ID映射样式列表。
  • 有序负载(除了现有转储功能)或ID映射样式变体作品中的步骤排序。
  • 允许CWL样式的$graph defs可以在单个文件中定义多个工作流。
  • 在导入时消除重复子工作流定义的初始工作。
  • 导出工作流时修复位置处理。

0.6.1(2018-10-01)

  • 修复非数据参数和隐式工作流连接的导出。

0.6.0(2018-10-01)

  • 各种修复,允许id映射样式的工作流输入定义。

0.5.0(2018-10-01)

  • 对于pja的更多修复,添加doc关键字来格式化2个工作流以匹配cwl工作流。将本地galaxy工作流映射为批注。

0.4.0(2018-10-01)

  • 修复了将工作流从native.ga导出为格式2时导出pja的问题。

0.3.2(2018-10-01)

  • 修复了将工作流程输出从native.ga导出为格式2的问题,支持现代地图样式的输出定义,如cwl 1.0。

0.3.1(2018-10-01)

  • 将子工作流从native.ga导出为格式2的修复程序。

0.3.0(2018-09-30)

  • 更多的cwl风格的输入,从本机工作流转换的初始工作,各种小的修正和调整。

0.2.0(2018-02-21)

  • 引入最新的galaxy更新-python 3修复,安全的yaml使用,以及更多的pja实现。

0.1.1(2016-08-15)

  • 修复一个python 3不兼容。

0.1.0(2016-05-02)

  • 初始版本-galaxy测试框架中的代码 基于planemo测试。

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