对gridengine调度程序的增强

gridengine-goodies的Python项目详细描述


gridengine goodies:gridengine的增强功能

gridengine-goodies包提供了一些命令行脚本,这些脚本增强了 gridengine调度系统

qsubx:一个改进的qsub

qsubx允许一次提交多个作业,同时队列中最多保留n个作业。 这样你就可以提交大量的工作,并且仍然对你的用户保持礼貌。

qsubx -n 100 job_*.sh

注意,n=100是默认值。qsubx在提交所有作业之前不会返回。

qdelx:通过正则表达式删除作业

按名称删除作业

qdelx sim_T*_rho*

删除队列中等待的所有作业

qdelx qw

qstatx:一种改进的qstat

它提供了更好的布局和完整的作业名称(改编自jeet sukumaran的代码)。 qstatx的主要优点是提供完整(或几乎完整)的作业名称和更好的布局。

------------------------------------------------------------------------------------------------
id      name      owner  submitted            state  queue  node                    slots
------------------------------------------------------------------------------------------------
124905  sleep_10  coslo  2018-10-09 15:54:42  r      all.q  varda.coulomb.univ-mon  1    
124906  sleep_10  coslo  2018-10-09 15:54:42  r      all.q  varda.coulomb.univ-mon  1    
124907  sleep_10  coslo  2018-10-09 15:54:42  r      all.q  varda.coulomb.univ-mon  1    
124908  sleep_10  coslo  2018-10-09 15:54:42  r      all.q  varda.coulomb.univ-mon  1    
124909  sleep_10  coslo  2018-10-09 15:54:44  qw                                    1    
124910  sleep_10  coslo  2018-10-09 15:54:44  qw                                    1    
124911  sleep_10  coslo  2018-10-09 15:54:44  qw                                    1    
124912  sleep_10  coslo  2018-10-09 15:54:44  qw                                    1    
------------------------------------------------------------------------------------------------
Running  :   4 (slots:    4)
Hold     :   0 (slots:    0)
Pending  :   4 (slots:    4)
Deletion :   0 (slots:    0)
Error    :   0 (slots:    0)
------------------------------------------------------------------------------------------------

qexec:在集群上执行命令

直接在计算节点上执行命令作业文件是动态创建的,并存储在用户.local/share文件夹下的临时目录中。行为类似于^ {< CD6> },但是^ {< CD7> }更灵活,并且如果需要的话,可以提供对作业文件和日志的持久访问。

这个作业将休眠10秒

qexec -c sleep 10

提交名为code.x的脚本或程序,并将日志文件存储在output_dir文件夹中

qexec -o output_dir -c code.x --verbose -param 1.0

qbarrier:在某些作业结束之前停止执行

它提供了在作业之间创建命令行级依赖关系的简单方法。 有关对作业依赖项的更精细控制,请参阅gridengine文档中的“作业数组”

安装

上面的好东西是普通的python和bash脚本。你可以复制它们,然后把它们放在你的路上。 但是,为了跟上更新的步伐,最好克隆代码存储库并相应地安装脚本

git clone https://gitlab.info-ufr.univ-montp2.fr/daniele.coslovich/gridengine-goodies.git
cd gridengine-goodies
make user

上面的过程将把脚本放在~/.local/bin中,因此请确保它位于PATH

exportPATH=$HOME/.local/bin:$PATH

将上面的行添加到您的.bashrc中,使其在会话之间保持不变。

更新到最新版本

cd gridengine-goodies
git pull
make user

作者

丹尼尔科斯洛维奇:http://www.coulomb.univ-montp2.fr/perso/daniele.coslovich/

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