Grapetree的Web界面，这是一个用于系统发育分析的程序。
grapetree的Python项目详细描述
#抓斗[构建状态]（https://travis-ci.org/achtman-lab/grapetree.svg？branch=master）（https://travis ci.org/achtman lab/grapetree）
[！[许可证：gpl v3]（https://img.shields.io/badge/license gpl%20v3 blue.svg）]（https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0）
[！[文档状态]（https://readthedocs.org/projects/enterobase/badge/）（http://enterobase.readthedocs.io/en/latest/grapetree/grapetree about.html）
**[点击此处观看Grapetree的现场演示！]（https://achtman-lab.github.io/grapetree/mstree_holder.html）**
grapetree是enterobase的一个组成部分，我们建议您使用grapetree
通过enterobase获得最佳结果。但是，许多人要求提供一个可以脱机使用或集成到其他应用程序中的独立图形版本。
您将通过web浏览器与enterobase；中的
程序进行交互。我们建议
[谷歌浏览器]（https://www.google.com/chrome/index.html）以获得最佳结果。
**有关详细帮助，请参阅：[http://enterobase.readthedocs.io/en/latest/grapetree/grapetree/grapetree about.html]（http://enterobase.readthedocs.io/en/latest/grapetree/grapetree about.html）**
**f或者一个正式的描述，请看基因组研究中被接受的手稿：[https://doi.org/10.1101/gr.232397.117
]（https://doi.org/10.1101/gr.2397.117
）***
ts通过pip安装**：
```
pip install grapetree
grapetree
```
**我们还有现成的二进制文件可在此处下载：[https://github.com/achtman lab/grapetree/releases]（https://github.com/achtman lab/grapetree/releases）**
**在Mac上运行：下载grapetreeac.zip**
您需要解压缩grapetree_mac.zip（只需双击）。里面会有一个应用程序，你可以将它拖到你的应用程序文件夹中。您可能会收到有关
安全设置的警告，如果您右键单击Grapetree应用程序，然后单击"打开"
应该没问题。
**在Windows上运行：下载Grapetree_win.zip**
下载后，您需要解压缩Grapetree_win.zip，然后打开
提取的文件夹运行grapetree_win.exe。当您第一次在
windows上运行它时，您可能会得到一个有关安全性的提示。在Windows 10上，单击小文本"更多信息"，然后单击按钮"无论如何运行"。
**从源代码运行**
```
pip install-r requirements.txt
chmod+x二进制文件/
```
运行抓斗；
1。导航到安装GrapeTree的目录。
1。按如下方式在python中运行。
```
\grapetree>；python grapetree.py
*运行在http://127.0.0.1:8000/（按ctrl+c退出）
````
程序将自动打开您的web浏览器，您将看到
grapetree启动屏幕。如果您想随时重新启动页面，可以在Web浏览器中访问[http://localhost:8000]（http://localhost:8000）。要查看树（newick或nexus）或从等位基因配置文件创建树，只需将文件拖到浏览器窗口中即可。
tps://achtman-lab.github.io/grapetree/documentation/developer/index.html）（jsdoc）。
ts
要运行测试，请在顶级目录中运行py tests。
```
pytest
````
[--缺少处理程序][--wgmlst]
[--启发式启发性方法][--n_proc number_of_processes]
[--check]
有关详细信息，请参阅"https://github.com/achtman lab/grapetree/blob/master/readme.md"。
简而言之，grapetree生成默认输出的新单击树。ut（屏幕）
或重定向输出，例如文件。
或包含对齐序列的fasta文件。
--method tree，-m tree
"mstree v2"[默认]
"mstree"
"nj"：fastme v2 nj tree
"rapidnj"：非常大的数据集的rapidnj
"距离"：Phylip格式的p距离矩阵。
--矩阵矩阵矩阵类型，-x矩阵类型
"对称"：[默认值：mstree和nj]
"不对称"：[默认值：mstreev2]。
--重新创建，-r触发本地分支重新创建惯性导航与制导。[默认值：mstreev2]。
--缺少处理程序，-y处理程序
仅用于对称距离矩阵。
0:[默认值]忽略成对比较中缺少的数据。
1:删除缺少数据的列。
2：将数据视为等位基因。
3：等位基因差异的绝对数。
--启发式，-t启发式
tiebreak启发式仅用于mstree和mstreev2
"eburst"[默认值：mstree]
"harmonic"[默认值：mstreev2]
--n_proc number_of_processes，-n number_of_processes
并行使用的CPU进程数。[默认值]：5.
--check，-c仅计算预期的时间/内存需求。
````
注意：
*有关[--matrix]的详细说明（https://github.com/achtman lab/grapetree/blob/master/documentation/asymmetricdistances.pdf），[--recraft]（https://github.com/achtman-lab/grapetree/blob/master/documentation/branchrescrafting.pdf）和[--启发式]（https://github.com/achtman lab/grapetree/blob/master/documentation/tiebreak.pdf）
ab/grapetree/blob/master/examples/simulated廑data.profile
````
必须以""开头。以""开头的collumn标签被视为注释，不会在下游分析中使用。第一列必须是菌株的唯一标识符。
剩余的每一行表示不同的菌株。
使用"-"或"0"表示缺失的等位基因。
对齐的fasta
对齐的fasta文件包含多个相同长度的fasta格式的序列。许多序列比对工具，例如mafft和muscle，使用fasta作为其输出的默认格式。
在这里查找一个示例：http://wwwabi.snv.jussieu.fr/public/clustal2dna/fastali.html
请注意，GrapeTree目前只支持P距离。
元数据
元数据文件可以是制表符分隔的文本文件，也可以是逗号分隔的文本文件。这仅用于标准的ve中的树表示rsion.
下面是一个示例：https://github.com/achtman lab/grapetree/blob/master/examples/simulated廑data.txt
`````
id country year
0 china 1983
1 china 1984
…
````
如果出现标有"id"的列，则它将用于将元数据与配置文件关联，否则将使用第一列。
https://en.wikipedia.org/wiki/newick_format
http://evolution.gengengenetics.wawashingwawawangwawangwangwangwangwangwangwangwa.edu/phylip/doc/distance.html
>命令行示例
\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\.pytrev2
`````>python grapetree tree.pypython-grapetree.py py py-p-p示例/simula\\\\.data.profile-m mstree v2-mstreev2
````py-p示例/模拟_data.profile-m nj
```
距离矩阵
````
python grapetree.py-p示例/simulated_data.profile-m distance
````
许可证
版权所有Warwick University此程序是免费软件：您可以根据GNU General Public的条款重新分发和/或修改它
许可证如自由软件基金会发布的，无论是版本号的3，或是（您的选择）的任何版本。特殊目的。有关详细信息，请参阅gnu通用公共许可证。
如果没有，请参见http://www.gnu.org/licenses/>；
请使用引文：
100000种细菌病原体之间的核心基因组关系"，Genome Res；doi:
[https://doi.org/10.1101/gr.232397.117]（https://d国际组织/10.1101/GR.2397.117）
[！[许可证：gpl v3]（https://img.shields.io/badge/license gpl%20v3 blue.svg）]（https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0）
[！[文档状态]（https://readthedocs.org/projects/enterobase/badge/）（http://enterobase.readthedocs.io/en/latest/grapetree/grapetree about.html）
**[点击此处观看Grapetree的现场演示！]（https://achtman-lab.github.io/grapetree/mstree_holder.html）**
grapetree是enterobase的一个组成部分，我们建议您使用grapetree
通过enterobase获得最佳结果。但是，许多人要求提供一个可以脱机使用或集成到其他应用程序中的独立图形版本。
您将通过web浏览器与enterobase；中的
程序进行交互。我们建议
[谷歌浏览器]（https://www.google.com/chrome/index.html）以获得最佳结果。
**有关详细帮助，请参阅：[http://enterobase.readthedocs.io/en/latest/grapetree/grapetree/grapetree about.html]（http://enterobase.readthedocs.io/en/latest/grapetree/grapetree about.html）**
**f或者一个正式的描述，请看基因组研究中被接受的手稿：[https://doi.org/10.1101/gr.232397.117
]（https://doi.org/10.1101/gr.2397.117
）***
ts通过pip安装**：
```
pip install grapetree
grapetree
```
**我们还有现成的二进制文件可在此处下载：[https://github.com/achtman lab/grapetree/releases]（https://github.com/achtman lab/grapetree/releases）**
**在Mac上运行：下载grapetreeac.zip**
您需要解压缩grapetree_mac.zip（只需双击）。里面会有一个应用程序，你可以将它拖到你的应用程序文件夹中。您可能会收到有关
安全设置的警告，如果您右键单击Grapetree应用程序，然后单击"打开"
应该没问题。
**在Windows上运行：下载Grapetree_win.zip**
下载后，您需要解压缩Grapetree_win.zip，然后打开
提取的文件夹运行grapetree_win.exe。当您第一次在
windows上运行它时，您可能会得到一个有关安全性的提示。在Windows 10上，单击小文本"更多信息"，然后单击按钮"无论如何运行"。
**从源代码运行**
```
pip install-r requirements.txt
chmod+x二进制文件/
```
运行抓斗；
1。导航到安装GrapeTree的目录。
1。按如下方式在python中运行。
```
\grapetree>；python grapetree.py
*运行在http://127.0.0.1:8000/（按ctrl+c退出）
````
程序将自动打开您的web浏览器，您将看到
grapetree启动屏幕。如果您想随时重新启动页面，可以在Web浏览器中访问[http://localhost:8000]（http://localhost:8000）。要查看树（newick或nexus）或从等位基因配置文件创建树，只需将文件拖到浏览器窗口中即可。
tps://achtman-lab.github.io/grapetree/documentation/developer/index.html）（jsdoc）。
ts
要运行测试，请在顶级目录中运行py tests。
```
pytest
````
[--缺少处理程序][--wgmlst]
[--启发式启发性方法][--n_proc number_of_processes]
[--check]
有关详细信息，请参阅"https://github.com/achtman lab/grapetree/blob/master/readme.md"。
简而言之，grapetree生成默认输出的新单击树。ut（屏幕）
或重定向输出，例如文件。
或包含对齐序列的fasta文件。
--method tree，-m tree
"mstree v2"[默认]
"mstree"
"nj"：fastme v2 nj tree
"rapidnj"：非常大的数据集的rapidnj
"距离"：Phylip格式的p距离矩阵。
--矩阵矩阵矩阵类型，-x矩阵类型
"对称"：[默认值：mstree和nj]
"不对称"：[默认值：mstreev2]。
--重新创建，-r触发本地分支重新创建惯性导航与制导。[默认值：mstreev2]。
--缺少处理程序，-y处理程序
仅用于对称距离矩阵。
0:[默认值]忽略成对比较中缺少的数据。
1:删除缺少数据的列。
2：将数据视为等位基因。
3：等位基因差异的绝对数。
--启发式，-t启发式
tiebreak启发式仅用于mstree和mstreev2
"eburst"[默认值：mstree]
"harmonic"[默认值：mstreev2]
--n_proc number_of_processes，-n number_of_processes
并行使用的CPU进程数。[默认值]：5.
--check，-c仅计算预期的时间/内存需求。
````
注意：
*有关[--matrix]的详细说明（https://github.com/achtman lab/grapetree/blob/master/documentation/asymmetricdistances.pdf），[--recraft]（https://github.com/achtman-lab/grapetree/blob/master/documentation/branchrescrafting.pdf）和[--启发式]（https://github.com/achtman lab/grapetree/blob/master/documentation/tiebreak.pdf）
ab/grapetree/blob/master/examples/simulated廑data.profile
````
必须以""开头。以""开头的collumn标签被视为注释，不会在下游分析中使用。第一列必须是菌株的唯一标识符。
剩余的每一行表示不同的菌株。
使用"-"或"0"表示缺失的等位基因。
对齐的fasta
对齐的fasta文件包含多个相同长度的fasta格式的序列。许多序列比对工具，例如mafft和muscle，使用fasta作为其输出的默认格式。
在这里查找一个示例：http://wwwabi.snv.jussieu.fr/public/clustal2dna/fastali.html
请注意，GrapeTree目前只支持P距离。
元数据
元数据文件可以是制表符分隔的文本文件，也可以是逗号分隔的文本文件。这仅用于标准的ve中的树表示rsion.
下面是一个示例：https://github.com/achtman lab/grapetree/blob/master/examples/simulated廑data.txt
`````
id country year
0 china 1983
1 china 1984
…
````
如果出现标有"id"的列，则它将用于将元数据与配置文件关联，否则将使用第一列。
https://en.wikipedia.org/wiki/newick_format
http://evolution.gengengenetics.wawashingwawawangwawangwangwangwangwangwangwangwa.edu/phylip/doc/distance.html
>命令行示例
\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\.pytrev2
`````>python grapetree tree.pypython-grapetree.py py py-p-p示例/simula\\\\.data.profile-m mstree v2-mstreev2
````py-p示例/模拟_data.profile-m nj
```
距离矩阵
````
python grapetree.py-p示例/simulated_data.profile-m distance
````
许可证
版权所有Warwick University此程序是免费软件：您可以根据GNU General Public的条款重新分发和/或修改它
许可证如自由软件基金会发布的，无论是版本号的3，或是（您的选择）的任何版本。特殊目的。有关详细信息，请参阅gnu通用公共许可证。
如果没有，请参见http://www.gnu.org/licenses/>；
请使用引文：
100000种细菌病原体之间的核心基因组关系"，Genome Res；doi:
[https://doi.org/10.1101/gr.232397.117]（https://d国际组织/10.1101/GR.2397.117）
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