基于gpseq的中心度估计。
gpseqc的Python项目详细描述
gpseqc
python3软件包，提供评估基因组区域三维空间核中心性和比较不同中心性排名的工具。
- 有关详细信息，请阅读（public）documentation。
- 阅读（私有）documentation了解更多详细信息。
一旦回购公开，私人文档将与公共文档合并。
安装
要安装，请运行以下命令：
git clone http://github.com/ggirelli/gpseqc
cd gpseqc
sudo -H pip3 install .
要对安装进行test测试，请运行：pytest-3 --pyargs gpseqc。
要卸载请从存储库文件夹中运行以下命令：
sudo -H pip3 uninstall gpseqc
若要update，请先卸载，然后从存储库文件夹中运行以下命令。
git pull
sudo -H pip3 install .
其他依赖项
大多数必需的依赖项由pip3自动安装。不过，有些还需要一些手动步骤。具体来说，gpseqc需要以下包：
tkinter
在ubuntu上可以很容易地安装：
sudo apt install python3-tk
用法
估计中心性
该脚本允许基于多条件gpseq实验估计区域核中心度。运行gpseqc_estimate -h获取更多详细信息。
比较中心性等级
使用gpseqc_compare脚本可以比较不同的区域中心性级别。运行gpseqc_compare -h获取更多详细信息。
贡献
我们欢迎对GPSeqC的任何贡献。请参考contribution guidelines如果这是你第一次贡献！还有，看看我们的code of conduct。
许可证
MIT License
Copyright (c) 2017-18 Gabriele Girelli
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