用于管理基因型-表型映射数据的python api
gpmap的Python项目详细描述
gpmap
用于管理基因型-表型映射数据的python api
GPMAP定义了管理基因型表型（GP）数据的灵活对象。在它的核心， 它将所有数据存储在pandas数据帧中，因此与 Pydata电子系统。
要可视化由gpmap创建的基因型表型对象，请签出GPGraph。
基本示例
导入包的基本对象。
fromgpmapimportGenotypePhenotypeMap
将数据传递给对象。
# Datawildtype="AAA"genotypes=["AAA","AAT","ATA","TAA","ATT","TAT","TTA","TTT"]phenotypes=[0.1,0.2,0.2,0.6,0.4,0.6,1.0,1.1]stdeviations=[0.05,0.05,0.05,0.05,0.05,0.05,0.05,0.05]# Initialize the objectgpm=GenotypePhenotypeMap(wildtype,genotypes,phenotypes,stdeviations=stdeviations)# Check out the data.gpm.data
或者从磁盘加载数据集。
gpm=GenotypePhenotypeMap.read_json("data.json")
安装
用户 安装此软件包的最简单方法是使用pip:
pip install gpmap
开发人员
建议在开发过程中使用pipenv安装此包。
- 克隆此存储库：
git clone https://github.com/harmslab/gpmap
- 使用pipenv安装软件包。
cd gpmap
pipenv install --dev -e .
- 使用pytest运行测试
pytest
依赖关系
需要以下模块。此外，示例/教程是用jupyter笔记本编写的，需要安装ipython。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
