哥斯达克

gosdk的Python项目详细描述


GOSDK-Genomology软件开发工具包
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==



这是一个专有软件包,可从[Genomology]获得,与我们的[Knowledge Management System]一起使用。


有关许可的详细信息,请与我们联系在:

info@genomoncology.com




>可通过pypi下载的其他专有项目包括:

*[go vcf]-genomonology变量调用文件“call”生成器
*[go cli]-genomoncology命令行界面

我们的开源项目包括:

*[相关]-python中的嵌套对象模型字典,亚姆,json转换支持
*[specd]-swagger v2规范目录
*[rigor]-基于http的dsl,用于验证restful api



overview
--


genomogy软件开发工具包(sdk)将与genomogy知识管理系统的运行实例
一起使用。它建立在[specd]项目的基础上,目前提供以下功能:

*variant hgvs calculation(g.,p.,c.)
*variant annotation(例如gnomad,dbsnp,等)
*变量分类(例如acgm或amp层)
*基因和蛋白质信息
*临床试验匹配
*治疗匹配
*变量仓库加载和查询




sync mode
----


当未传入“async启用”时(默认为false),则操作处于“正常”状态同步模式。t“

来自gosdk import construct-sdk
sdk=construct-sdk(token=token)
a_list=sdk.annotations.get_annotations(batch=[hgvs_g]).result()
annotation=a_list.get_annotation(hgvs_g)
assert annotation.canonical_c_dot==”nm_.4:c.1799t>;
````




异步模式








当‘async_enabled’为真时,必须使用异步/等待范式与库进行交互。


```python

token=“…”
hgvs
hgvs


gosdk-import-construct-construct-sdk
sdk

sdk



sd(异步启用=真,token=token,loop=loop)
a_list=await-sdk.annotations.get_annotations(batch=[hgvs_g]).result()
annotation=a_list.get_annotation(hgvs_g)
assert annotation.canonical_c_dot==“nm_.4:c.1799t>;a“
```


[genomology]:https://genomology.com/
[knowledge management system]:https://genomology.com/solutions/clinical oncology/
[related]:https://github.com/genomology/related
[specd]:https://github.com/genomology/rigor
[go vcf]:https://pypi.org/project/govcf/
[go cli]:https://pypi.org/project/gocli/








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