组合数据分析工具和可视化
gneiss的Python项目详细描述
片麻岩
正统的发音nice
片麻岩是一个用于分析高维比例的成分数据分析和可视化工具箱。有关api文档，请参见here。
请注意，片麻岩与Python2不兼容，并且与Python3.4或更高版本兼容。 片麻岩目前在阿尔法。我们正在积极开发它，可能会出现向后不兼容的接口更改。
安装
要安装此软件包，建议使用conda。首先确保配置了适当的通道。
conda config --add channels https://conda.anaconda.org/bioconda
conda config --add channels https://conda.anaconda.org/biocore
conda config --add channels https://conda.anaconda.org/qiime2
conda config --add channels https://conda.anaconda.org/qiime2/label/r2017.6
然后片麻岩可以安装在Conda环境中，如下所示
conda create -n gneiss_env gneiss
要安装最新版本的片麻岩，请运行以下命令
pip install git+https://github.com/biocore/gneiss.git
教程
qiime2教程
- Linear regression on balances in the 88 soils
- Linear mixed effects models on balances in a CF study
- Linear regression on balances in the Chronic Fatigue Syndrome
python教程
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如果您在自己的出版物中使用此软件包，请在
Morton JT, Sanders J, Quinn RA, McDonald D, Gonzalez A, Vázquez-Baeza Y,
Navas-Molina JA, Song SJ, Metcalf JL, Hyde ER, Lladser M, Dorrestein PC,
Knight R. 2017. Balance trees reveal microbial niche differentiation.
mSystems 2:e00162-16. https://doi.org/10.1128/mSystems.00162-16.
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