糖信息学工具包
glyp的Python项目详细描述
糖生物学是研究生物功能、特性和 碳水化合物生物分子的结构，也称为glycans。这些 树状的大分子是复杂的，有很多种 构建块以及对它们的修改和替换 积木。
glypy是一个python库，提供读、写和
操纵聚糖结构、聚糖组成、单糖和
他们的取代基。它还包括与流行的聚糖结构的接口
数据库，GlyTouCan和UnicarbKB
使用
示例用例
- 使用规范或留数级规则遍历结构 命令。
- 以单糖和取代基作为节点和键 边缘。
- 添加、删除和修改这些结构以更改聚糖属性。
- 识别子结构和基序，对聚糖进行分类。
- 使用以下顺序之一评估结构相似性 比较器方法。
- 使用matplotlib绘制树结构，使用可配置的 符号命名法，如snfg、cfg或iupac。矢量布局 用于无损缩放的图形。
- 计算天然或衍生聚糖的质量。
- 为一个 用于执行MS/MS数据库搜索的聚糖结构的集合。
- 以精确的顺序执行子结构相似性搜索或 拓扑比较与精确或模糊逐残匹配 将结构分类为N-连接的聚糖。
- 用聚糖结构注释质谱，标记哪些峰 匹配数据库条目。
- 从GlyTouCan 下载所有N-聚糖
- 在包含特定子树的列表中查找所有聚糖，或 在聚糖数据库中查找公共子树，执行treelet 富集分析。
- 用一系列酶合成所有可能的聚糖 一组种子结构。
引用
如果您在出版物中使用glypy，请引用：
Klein, J., & Zaia, J. (2019). glypy - An open source glycoinformatics library. Journal of Proteome Research. https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.9b00367
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