广义线性混合模型均值和协方差参数的快速推断
glimix-core的Python项目详细描述
Glimix核心
广义线性混合模型均值和协方差参数的快速推断 模型。
它实现了 FaST-LMM特例 具有线性协方差矩阵的线性混合模型，并提供 用于在秒内对数百万个协变量执行推理的接口。 利用期望实现广义线性混合模型推理 传播并利用一些数学技巧来处理 包含数千个样本和数百万个协变量的数据集。
安装
有两种主要的安装方法。 通过pip：
pip install glimix-core
或通过conda：
conda install -c conda-forge glimix-core
运行测试
安装后，您可以对其进行测试
python -c "import glimix_core; glimix_core.test()"只要你有pytest。
用法
下面是一个非常简单的示例，可以帮助您入门：
>>>fromnumpyimportarray,ones>>>fromnumpy_sugar.linalgimporteconomic_qs_linear>>>fromglimix_core.lmmimportLMM>>>>>>X=array([[1,2],[3,-1],[1.1,0.5],[0.5,-0.4]],float)>>>QS=economic_qs_linear(X)>>>X=ones((4,1))>>>y=array([-1,2,0.3,0.5])>>>lmm=LMM(y,X,QS)>>>lmm.fit(verbose=False)>>>lmm.lml()-2.2726234086180557
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作者
许可证
这个项目是根据MIT License授权的。
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