基于ga4gh变体模式的基于文档的变体数据库
ga4ghmongo的Python项目详细描述
#GA4GH蒙哥
一个基于文档的变体数据库，灵感来自ga4gh变体模式。
https://github.com/ga4gh/schemas
##用法
from ga4ghmongo.schema import Variant v = Variant.create(start=0,reference_bases=”A”, alternate_bases=[“T”]) v.to_mongo().to_dict()
{‘info’: {}, ‘is_snp’: True, ‘is_insertion’: False, ‘reference_bases’: u’A’, ‘created_at’: datetime.datetime(2016, 3, 16, 15, 11, 43, 989088), ‘updated_at’: datetime.datetime(2016, 3, 16, 15, 11, 43, 989189), ‘start’: 0, ‘var_hash’: u’b819f0202b6a9dff2821bbcf7dac87536bc9cb08be6eb96c8dad3fd4fd2a6fd6’, ‘names’: [u’A0T’], ‘is_indel’: False, ‘length’: 0, ‘alternate_bases’: [u’T’], ‘is_deletion’: False, ‘variant_sets’: []}
###与GA4GH V0.5.1 API相比的变化
- 在ga4gh模式中，每个变量必须属于一个且只能属于一个variantset。这里我们允许变量属于多个变量集
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