逆向蒙特卡罗或fullrmc的基本库语言是一个分子/原子随机拟合平台,用于对实验数据进行逆向建模。
fullrmc的Python项目详细描述
逆向蒙特卡罗或fullrmc的基本库语言是一个分子/原子随机拟合平台,用于对实验数据进行逆向建模。 fullrmc不是一个标准的rmc软件,但是它的功能和能力超过了传统的rmc和metropolis-hastings算法。 因此,fullrmc中的rmc名称是不准确的,但保留它是为了尊重社区术语。 rmc在凝聚态物理和固态化学中的应用最为著名。 rmc用于解决一个反问题,即调整原子模型,直到其原子位置与一组实验数据具有最大的一致性。 fullrmc是一个python包,它的核心和计算模块都是用cython优化和编译的。 fullrmc的engine子模块是包含“engine”定义的主模块,engine是用于启动随机计算的主类和唯一类。 引擎只读取蛋白质数据库格式的原子配置文件“.pdb”,并处理其他定义和属性。 从版本1开始,增加了x.y拟合非周期边界条件或孤立分子。 fullrmc>;=1.2.y可以使用允许多线程拟合的“openmp”编译。 fullrmc>;=2.x.y引擎不再是一个文件,而是一个pyrep存储库。 fullrmc>;=3.x.y启用拟合时动态移除原子。