从Freesurfer分割文件中提取roi的CLI工具

FSMakeRO的Python项目详细描述


FSMakeROI公司

一个CLI工具,用于将自由曲面分段转换为单独的NifTi 文件

安装

使用pip安装此软件包:

pip install fsmakeroi

使用

运行此工具的命令上下文是:

^{pr2}$

其中aseg是指向aparc的路径+aseg.mgz公司文件,rois是 包含Freesurfer ROI LUT代码的文本文件的路径。在

ROI代码文件是要提取的ROI列表,每行 代码对应ROI。请参考 /示例/示例_rois.txt文件有关创建代码文件的示例。在

roi也可以应用于任何图像,只要它们被注册 到T1在自由曲面空间。这是用-i--image完成的 标志:

fsmakeroi -i [PATH TO IMAGE] aseg rois

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