fsleyes 0.30.1

安装

这些说明与将fsleyes手动安装到python中有关。 环境。fsleyes的独立版本可以从 https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FSLeyes。

fsleyes是一个wxPython应用程序。如果你是 在Linux上，您需要首先安装wxpython https://extras.wxpython.org/wxPython4/extras/linux/并找到目录 符合你的操作系统。然后运行此命令（相应地更改url）：

pip install --only-binary wxpython -f https://extras.wxpython.org/wxPython4/extras/linux/gtk2/ubuntu-16.04/ wxpython

一旦安装了wxPython，您就可以像这样安装fsley：

pip install fsleyes

安装带有所有可选依赖项的fsley 功能）：

pip install fsleyes[extras]

作为使用pip的替代方法，fsleyes也可以在conda-forge：

conda install -c conda-forge fsleyes

依赖关系

fsley的所有核心依赖项都列在requirements.txt中。

中列出了一些提供附加功能的附加依赖项 requirements-extras.txt和 requirements-notebook.txt。

列出了运行测试和生成文档的依赖项 在requirements-dev.txt中。

作为一个opengl应用程序，fsleyes只能用于 图形硬件（或软件gl渲染器），支持 以下版本：

• OpenGL 1.4，具有以下扩展：
  • ARB_vertex_program
  • ARB_fragment_program
  • EXT_framebuffer_object
  • GL_ARB_texture_non_power_of_two
• OpenGL 2.1，具有以下扩展：
  • EXT_framebuffer_object
  • ARB_instanced_arrays
  • ARB_draw_instanced

fsleyes还需要存在过剩，或免费过剩。

文档

fsleyes用户和api文档是用structuredtext编写的，并且可以 使用sphinx：

pip install -r requirements-dev.txt
python setup.py userdoc
python setup.py apidoc

文档将生成并保存在userdoc/html/和 apidoc/html/。

学分

一些fsleyes图标是由enes dal的freeline图标集派生的， 在https://www.iconfinder.com/Enesdal提供，并在 Creative Commons（属性3.0未输入）许可证。

体积样条插值例程使用以下代码：

丹尼尔·鲁伊特尔斯和菲利普·塞韦纳兹， 用于精确三次B样条插值的GPU预滤波器， 《计算机期刊》，第55卷，第1期，第15-20页，2012年1月。 http://dannyruijters.nl/docs/cudaPrefilter3.pdf

glsl解析器基于nicolas p编写的代码。鲁吉尔，在 https://github.com/rougier/glsl-parser，根据bsd许可证发布。

dicom到nifti的转换是用chris rorden的dcm2nix执行的 （https://github.com/rordenlab/dcm2niix）。

cyril pernet制作并提供了大脑颜色彩色地图。 （https://doi.org/10.1111/ejn.14430）。