从freesurfer分段创建dicom分段图像和结构化报表对象
fs2dicom的Python项目详细描述
#fs2dicom是一个将[freesurfer]输出转换为dicom的工具（https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/）。分别是dicom结构化报表对象。` aseg.stats`to`dicom-sr`使用[dcmqi]（https://github.com/qiicr/dcmqi/）。
目前，仅支持和记录[`aseg.mgz`]（http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/subcorticalsegmentation/）和"aseg.stats"。未来的版本可能支持其他自由曲面分段和分段（例如不同皮质区域的厚度和体积）
必修的。或者，不在本地安装这些程序，可以使用[docker]（https://docs.docker.com/install/）来运行必要的命令。默认情况下使用Docker。
注意：将来的更新应该能够删除Freesurfer依赖项，并用基于Python的工具替换其功能。
然后运行：
``
pip install-e.
```
这将安装运行"fs2dicom"所需的所有python需求（列在"requirements.txt"中）。
本地
docker是运行freesurfer的默认方式，dcmqi命令需要
create dicom seg/sr
freesurfer许可证密钥才能运行docker映像。这可以从以下网址下载：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
freesurfer命令用于将ASEG重新采样到本机空间将来
版本可能会删除此依赖项
选项：
--dcmqi type[docker local]使用docker或本地安装
dcmqi的版本（默认值：docker）
--dcmqi_docker_image dcmqi docker image的文本名称（默认值：
qiicr/dcmqi:latest）
--freesurfer_type[docker local]
使用docker或本地安装版本的
freesurfer（默认值：docker）
--freesurfer\u docker\u映像freesurfer docker映像的文本名称。
当前仅支持
corticometrics/fs6 base（默认值：
corticometrics/fs6 base:latest）
--fs_license_key到freesurfer license key文件的文本路径。
（默认值：由环境变量设置的路径
fs_license_key）
-h，--帮助显示此消息并退出。
T1-DICOM文件ASEG-U图像文件
[ASEG-DICOM段输出]
以及
输出到ASEG-DICOM SEG-U输出文件名（默认值：./aseg.dcm）
选项：
--DICOM SEG元数据架构的SEG元数据路径，描述
ASEG（默认值：在包内提供）
-h，--帮助显示此消息并退出。
```
``create sr`子命令选项
```
usagE:fs2dicom create sr[options]t1_dicom_file aseg_stats_file
[aseg_dicom_sr_output]
使用
freesurfer创建的aseg_stats_文件中的值创建dicom结构化报表对象aseg_dicom_sr_output（默认值：
./aseg-sr.dcm）。需要T1\U DICOM文件（使用
freesurfer处理的其中一个T1W DICOM文件）和ASEG\U DICOM段文件（默认值：./aseg.dcm，使用
--aseg\u DICOM段文件指定）来提供此DICOM SR的上下文。
sr元数据输出也被创建（默认值：./fs-aseg-sr.json，使用--sr_metadata_output指定的
，包含用于创建DICOM的值
sr.
例如，由
`fs2dicom create seg`（默认值：./aseg.dcm）创建的
--sr_metadata廑u输出路径json文件输出包含用于创建dicom sr的值（默认值：./fs-aseg-sr.json）
--seg廑u metadata path描述ASEG的DICOM SEG元数据架构的路径（默认值：在包中提供）
--用
aseg.stats值填充的DICOM SR模板的SR模板路径（默认值：在
包装）
-h，--帮助显示此消息并退出。
```
`"aseg.mgz"和"aseg.stats".
"aseg.mgz"到"dicom-seg"
1。从freesurfer调用[`mri\u vol2vol`]（https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/mri\u vol2vol），将'aseg.mgz'从freesurfer空间重新采样到输入T1 DICOM的本机空间，并转换为nifti。
```
mri卷2vol \
--mov/path/to/aseg.mgz \
--targ/path/to/t1/dicom/file \
--regheader \
--最近的\
--o aseg-native.nii.gz
``
2。使用[dmcqi]中的[itkimage2segimage`]（https://qiicr.gitbooks.io/dcmqi-guide/user-guide/itkimage2segimage.html）（https://github.com/qiicr/dcmqi）在本报告中使用[`fs aseg.json`]（fs2dicom/templates/fs aseg.json）将"aseg.nii.gz"转换为dicom-seg。
````
itkimage2segimage\
--inputdicomdirectory/path/to/t1/dicom/directory\
--inputmetadata/path/to/fs2dicom/templates/fs-aseg.json\
--inputmagelist aseg-native.nii.gz\
--outputdicom aseg.dcm
--skip
````
[`fs aseg.json`]（fs2dicom/templates/fs aseg.json）映射[freesurferASEG标签]（https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/fstutorial/anatomicalroi/freesurfercolorlut）到[snomed]（https://www.snomed.org/）代码并保留freesurfer推荐的颜色方案。
`fs aseg.json'由[emily]提供Lindemer）（https://www.linkedin.com/in/emily-lindemer-87206667/）
有关详细信息，请参阅[dcmqi gitbook]（https://qiicr.gitbooks.io/dicom4qi/results/seg/freesurfer.html）。将"aseg.stats"文件读入"pandas"数据框
2。使用以下项填写[`fs aseg sr template.json`]（fs2dicom/templates/fs aseg sr template.json）`jinja2`模板：
-T1 DICOM文件列表，
-ASEG'dicom seg'文件的名称，以及
-来自'aseg.stats'数据框的卷值
3。使用"dcmqi"的"tid1500writer"创建"dicom sr"文件：
```
tid1500writer\
--输入图像库目录/path/to/t1/dicom/directory\
--输入合成文本目录/path/to/aseg-dicom-seg/directory\
--输出dicom-aseg-sr.dcm\
--输入元数据fs-aseg-sr.json#在前一步中创建的
```
更多信息可以在以下位置找到：
-[`tid1500writer`用户指南]（https://qiicr.gitbooks.io/dcmqi-guide/user\u guide/tid1500writer.html）
-[示例`--inputMetadata`JSON文件]（https://github.com/qiicr/dcmqi/blob/master/doc/examples/sr-tid1500-ct-liver-example.json）
-[特定于ASEG的示例`--inputMetadata`JSON文件]（示例/fs-aseg-sr.json）
-特定于主题的修改
-`"compositeContext"`需要指向DICOM-SEG对象
-`"imageLibrary"`需要指向源MPrage DICOM列表
-`"measurements"->；"measurementitems"-"value"`需要从"aseg.stats"
-`"measurements"->；"sourceseriesforimagesegmentation"`需要设置为DICOM"系列实例uid属性"（0020000 E）
目前，仅支持和记录[`aseg.mgz`]（http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/subcorticalsegmentation/）和"aseg.stats"。未来的版本可能支持其他自由曲面分段和分段（例如不同皮质区域的厚度和体积）
必修的。或者，不在本地安装这些程序，可以使用[docker]（https://docs.docker.com/install/）来运行必要的命令。默认情况下使用Docker。
注意：将来的更新应该能够删除Freesurfer依赖项，并用基于Python的工具替换其功能。
然后运行：
``
pip install-e.
```
这将安装运行"fs2dicom"所需的所有python需求（列在"requirements.txt"中）。
本地
docker是运行freesurfer的默认方式，dcmqi命令需要
create dicom seg/sr
freesurfer许可证密钥才能运行docker映像。这可以从以下网址下载：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
freesurfer命令用于将ASEG重新采样到本机空间将来
版本可能会删除此依赖项
选项：
--dcmqi type[docker local]使用docker或本地安装
dcmqi的版本（默认值：docker）
--dcmqi_docker_image dcmqi docker image的文本名称（默认值：
qiicr/dcmqi:latest）
--freesurfer_type[docker local]
使用docker或本地安装版本的
freesurfer（默认值：docker）
--freesurfer\u docker\u映像freesurfer docker映像的文本名称。
当前仅支持
corticometrics/fs6 base（默认值：
corticometrics/fs6 base:latest）
--fs_license_key到freesurfer license key文件的文本路径。
（默认值：由环境变量设置的路径
fs_license_key）
-h，--帮助显示此消息并退出。
T1-DICOM文件ASEG-U图像文件
[ASEG-DICOM段输出]
以及
输出到ASEG-DICOM SEG-U输出文件名（默认值：./aseg.dcm）
选项：
--DICOM SEG元数据架构的SEG元数据路径，描述
ASEG（默认值：在包内提供）
-h，--帮助显示此消息并退出。
```
``create sr`子命令选项
```
usagE:fs2dicom create sr[options]t1_dicom_file aseg_stats_file
[aseg_dicom_sr_output]
使用
freesurfer创建的aseg_stats_文件中的值创建dicom结构化报表对象aseg_dicom_sr_output（默认值：
./aseg-sr.dcm）。需要T1\U DICOM文件（使用
freesurfer处理的其中一个T1W DICOM文件）和ASEG\U DICOM段文件（默认值：./aseg.dcm，使用
--aseg\u DICOM段文件指定）来提供此DICOM SR的上下文。
sr元数据输出也被创建（默认值：./fs-aseg-sr.json，使用--sr_metadata_output指定的
，包含用于创建DICOM的值
sr.
例如，由
`fs2dicom create seg`（默认值：./aseg.dcm）创建的
--sr_metadata廑u输出路径json文件输出包含用于创建dicom sr的值（默认值：./fs-aseg-sr.json）
--seg廑u metadata path描述ASEG的DICOM SEG元数据架构的路径（默认值：在包中提供）
--用
aseg.stats值填充的DICOM SR模板的SR模板路径（默认值：在
包装）
-h，--帮助显示此消息并退出。
```
`"aseg.mgz"和"aseg.stats".
"aseg.mgz"到"dicom-seg"
1。从freesurfer调用[`mri\u vol2vol`]（https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/mri\u vol2vol），将'aseg.mgz'从freesurfer空间重新采样到输入T1 DICOM的本机空间，并转换为nifti。
```
mri卷2vol \
--mov/path/to/aseg.mgz \
--targ/path/to/t1/dicom/file \
--regheader \
--最近的\
--o aseg-native.nii.gz
``
2。使用[dmcqi]中的[itkimage2segimage`]（https://qiicr.gitbooks.io/dcmqi-guide/user-guide/itkimage2segimage.html）（https://github.com/qiicr/dcmqi）在本报告中使用[`fs aseg.json`]（fs2dicom/templates/fs aseg.json）将"aseg.nii.gz"转换为dicom-seg。
````
itkimage2segimage\
--inputdicomdirectory/path/to/t1/dicom/directory\
--inputmetadata/path/to/fs2dicom/templates/fs-aseg.json\
--inputmagelist aseg-native.nii.gz\
--outputdicom aseg.dcm
--skip
````
[`fs aseg.json`]（fs2dicom/templates/fs aseg.json）映射[freesurferASEG标签]（https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/fstutorial/anatomicalroi/freesurfercolorlut）到[snomed]（https://www.snomed.org/）代码并保留freesurfer推荐的颜色方案。
`fs aseg.json'由[emily]提供Lindemer）（https://www.linkedin.com/in/emily-lindemer-87206667/）
有关详细信息，请参阅[dcmqi gitbook]（https://qiicr.gitbooks.io/dicom4qi/results/seg/freesurfer.html）。将"aseg.stats"文件读入"pandas"数据框
2。使用以下项填写[`fs aseg sr template.json`]（fs2dicom/templates/fs aseg sr template.json）`jinja2`模板：
-T1 DICOM文件列表，
-ASEG'dicom seg'文件的名称，以及
-来自'aseg.stats'数据框的卷值
3。使用"dcmqi"的"tid1500writer"创建"dicom sr"文件：
```
tid1500writer\
--输入图像库目录/path/to/t1/dicom/directory\
--输入合成文本目录/path/to/aseg-dicom-seg/directory\
--输出dicom-aseg-sr.dcm\
--输入元数据fs-aseg-sr.json#在前一步中创建的
```
更多信息可以在以下位置找到：
-[`tid1500writer`用户指南]（https://qiicr.gitbooks.io/dcmqi-guide/user\u guide/tid1500writer.html）
-[示例`--inputMetadata`JSON文件]（https://github.com/qiicr/dcmqi/blob/master/doc/examples/sr-tid1500-ct-liver-example.json）
-[特定于ASEG的示例`--inputMetadata`JSON文件]（示例/fs-aseg-sr.json）
-特定于主题的修改
-`"compositeContext"`需要指向DICOM-SEG对象
-`"imageLibrary"`需要指向源MPrage DICOM列表
-`"measurements"->；"measurementitems"-"value"`需要从"aseg.stats"
-`"measurements"->；"sourceseriesforimagesegmentation"`需要设置为DICOM"系列实例uid属性"（0020000 E）
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