科学巨蟒中强大、高效的轨迹分析。

freud-analysis的Python项目详细描述


freud

DOIPyPIconda-forgeReadTheDocsBinderCodecovGitHub Stars

<^ > ^ {EM1} $佛洛伊德EME> Python库提供了一个简单、灵活、功能强大的工具集,用于分析从分子动力学或蒙特卡洛模拟获得的轨迹。 采用高性能并行化C++计算标准工具,如径向分布函数、相关函数和聚类,以及原始分析方法,包括平均力和力矩的势函数和局部环境匹配。 freud库使用NumPy arrays进行输入和输出,使许多典型的材料科学工作流能够与科学python生态系统集成。

使用freud处理要发布的数据时,请use this citation

资源

安装

通过conda安装:

conda install -c conda-forge freud

或通过PIP:

pip install freud-analysis

freud也可以通过用于DockerSingularity的容器获得。

请参考Installation Guide从源头上编译弗洛伊德。

示例

使用python脚本调用freud库。 许多核心特性是demonstrated in the freud documentation。 更多的jupyter笔记本示例可以在freud examples repository中找到。 这些笔记本可以启动interactively on Binder 或者下载并在自己的系统上运行。 下面是计算径向分布函数的脚本。

importfreud# Create a freud compute object (rdf is the canonical example)rdf=freud.density.RDF(rmax=5,dr=0.1)# Load in your data (freud does not provide a data reader)box_data=np.load("path/to/box_data.npy")pos_data=np.load("path/to/pos_data.npy")# Create freud boxbox=freud.box.Box(Lx=box_data[0]["Lx"],Ly=box_data[0]["Ly"],is2D=True)# Compute RDFrdf.compute(box,pos_data[0],pos_data[0])# Get bin centers, RDF datar=rdf.Ry=rdf.RDF

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

推荐PyPI第三方库


热门话题
多线程如何在java中使简写递增原子化?   (java)如何测试输入值是否为int类型?   eclipse在数学公式Java方面遇到了麻烦   java Spring数据JPA生成的uuid字段为空   调试Java基本十六进制编辑器编程任务   java类似于用于C的jMonkey引擎#   java Jsoup HTTPS连接   Java的集合是否实现了UnionFind算法?   请解释一下这个Java布尔逻辑语句   java(类<?>)和getClass()之间有什么区别?   java如何让JSF2与Seam2协同工作   java读取XML并巧妙地将其转换为JSON   java HttpClientErrorException getResponseBodyAsString()无法将字节解析为字符串   java@RunWith(JUnit4.class)+GrpcCleanupRule vs@RunWith(SpringJUnit4ClassRunner.class)+@Autowired   java运行时为什么freeMemory()不能正确显示内存消耗情况?