微动线计算软件包
FRETlines的Python项目详细描述
FRET线发生器
这是一个用于计算FRET线的小Python包，用于使用多参数荧光检测的单分子FRET实验[1]。利用FRET效率E和强度加权平均施主荧光寿命的二维直方图分析了这些实验。FRET线定义了系统不同物理模型的这两个观测值之间的关系，这些关系可以叠加在绘图上，以便与实验数据进行比较[2]。在
对于理想系统，这两个观测值通过理想静态FRET线相联系：
E=1-<；τD（A）>；F/τD（0）
式中τD（0）是仅施主荧光寿命。为了模拟柔性染料连接体的影响，可以根据染料间距离的正态分布或χ分布生成静态FRET线。此外，还实现了两种聚合物模型：随机卷曲（或高斯链）和蠕虫状链（WLC）。在
动态FRET线表征了不同构象之间的交换，并表现为连接静态FRET线上两点的曲线。下面给出了一个例子。在
使用
包的用法在关联的Jupyter Notebook.中演示
安装
FRETlines包可以从根文件夹运行，也可以通过python setup.py install安装到本地Python安装中。它也可以通过pip install FRETlines通过PyPI获得。在
依赖关系
numpy，麻木
参考文献
[1]Eggeling C，et al.（2001）多参数荧光检测的数据注册和选择性单分子分析。生物技术杂志86（3）：163-180。在
[2]Kalinin S，Valeri A，Antonik M，Felekyan S，Seidel CAM（2010）用FRET检测结构动力学：多状态系统的光子分布和荧光寿命分析。物理化学杂志B 114（23）：7983–7995。在
FRETlines生成器-一个用于计算FRETlines的python库 版权所有（C）2020 Anders Barth
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