一个简单的/虚拟的应用程序，模拟自由冲浪
freesurfer-pp的Python项目详细描述
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Abstract
freesurfer_pp.py是一个dummyfreesurfer插件/容器，它预先填充了几个a priorifreesurfer运行的结果。对于给定的运行，此脚本将简单地将其中一个先前运行的元素复制到输出目录。
Synopsis
python freesurfer_pp.py \
[-v <level>] [--verbosity <level>] \
[--version] \
[--man] \
[--meta] \
[--copySpec <copySpec>] \
[--ageSpec <ageSpec>] \
<inputDir> \
<outputDir>
Run
这个plugin可以在两种模式下运行：以python包的形式运行，或者以容器化的docker映像的形式运行。PyPI模式在很大程度上包含在完整性方面，只有在存在于文件系统中的一些预处理的树上运行时才有用。
Using PyPI
除非您是开发人员，否则您可能不想运行pypi版本！最有可能你想要码头集装箱化运行-见下一节。
要从pypi运行，只需执行a
pip install freesurfer_pp
并使用
freesurfer.py --man /tmp /tmp
Using ^{tt1}$
这个包的真正用途是对打包到容器中的捆绑数据进行容器化运行。
将“input”目录分配给/incoming，将“output”目录分配给/outgoing。注意，这个插件实际上忽略了“input”目录，但它是必需的。确保主机$(pwd)/out目录是全局可写的！
在最简单的意义上，插件可以使用
mkdir in out && chmod 777 out docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-freesurfer_pp freesurfer_pp.py \ /incoming /outgoing
它将只复制到输出的10-yr/06-mo/01-da中的内部stats目录。通过指定^ {TT9} $，还可以复制通过PARCK矢状面、冠状面和横向（轴）平面以及PNG图像帧的多个附加目录，以及多个3D图像。
Examples
Check available pre-processed runs
要获取已处理和可用自由曲面选项的内部树列表：
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-freesurfer_pp freesurfer_pp.py \ -T ../preprocessed \ /incoming /outgoing
这将在目录树中打印预处理的数据的可用选项树。
Copy the default for a selected pre-processed run
选择一次跑步，说出08 yr/07 mo/16 da并指定要复制的跑步：
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-freesurfer_pp freesurfer_pp.py \ -a 08-07-16 \ /incoming /outgoing
Simulate a processing delay
要模拟处理延迟，请以秒为单位指定一些时间：
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-freesurfer_pp freesurfer_pp.py \ -a 08-07-16 \ -P 20\ /incoming /outgoing
Explicitly copy all the data including images from a pre-processed run
要从10-yr/06-mo/01-da主题复制所有图像目录，
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-freesurfer_pp freesurfer_pp.py \ -a 10-06-01 \ -c stats,sag,cor,tra,3D \ /incoming /outgoing
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